HIPS Talk: „Exploring Streptomyces secondary metabolism“

  • Überblick

    Bacteria belonging to the genus Streptomyces have been known for a long time to be prolific producers of secondary metabolites. The analysis of their genomes has shown that the wealth of their secondary metabolism has been seriously underestimated and numerous approaches aim at exploring the hidden secondary metabolome of Streptomyces and other microorganisms. For this purpose, various genome mining strategies have been developed, relying mostly on the search of homologs of known secondary metabolite biosynthetic genes. However, the study of cyclodipeptide synthases has shown that novel enzymes, unrelated to known secondary metabolism enzymes, can be essential in secondary metabolite biosynthetic pathways. Therefore, we undertook the development of a genome mining approach that relies on the detection of genomic islands in the genomes of closely related strains/species. Indeed, species- or strain- specific genomic islands have been observed to be enriched in genes of secondary metabolism. Thus, identifying genomic islands in closely related genomes may constitute a mean to isolate secondary metabolism gene clusters that fail to be detected by classical genome mining approaches because the biosynthetic genes constituting them are still uncharacterized. The first results of this approach will be presented.

     

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    Datum: 20.01.2015, 17:00

    Veranstaltungsort

    Universität des Saarlandes

    Gebäude und Raum

    Blg C4 3, Kleiner Hörsaal der Anorganischen Chemie

    Referent

    Jean-Luc Pernodet
    CNRS research scientist
    I2BC (Institute of Integrative Biology of the Cell), CEA, CNRS, University Paris-Sud,
    Bât. 400, rue G. Mendel, 91405 Orsay Cedex, France

    Gastgeber

    Dr. Andriy Luzhetskyy

  • Anfahrt

    So erreichen Sie uns in Saarbrücken

    Das HIPS-Gebäude befindet sich am Osteingang des Saarbrücker Campuses der Universität des Saarlandes. Der Campus liegt vor den Toren der Innenstadt in einem Waldgebiet. Saarbrücken ist die Hauptstadt des Saarlandes, welches im Südwesten Deutschlands liegt und gemeinsame Grenzen mit Frankreich und Luxemburg besitzt.

    Adresse

    Helmholtz-Institut für Pharmazeutische Forschung Saarland (HIPS)
    Universitätscampus E8 1
    66123 Saarbrücken

    Mit dem Auto

    • von Norden (Köln/Trier) über die Autobahnen A1/A8 zum Autobahnkreuz Neunkirchen, dort A6 in Richtung Saarbrücken
    • von Osten (Kaiserslautern) über die A6
    • von Nord-Westen (Luxemburg) über die A620, vorbei am Stadtzentrum auf die A6 in Richtung Mannheim
    • von Westen (Paris/Metz) und Süden (Strasbourg) über die A6/E50 in Richtung Mannheim

    Ausfahrt Nr. 6, "St. Ingbert-West/Universität" der Beschilderung "Universität Ost" folgen (ca. 6 km)

    Mit dem Zug

    • ICE/TGV- und Intercity-Bahnhof Saarbrücken Hbf
    • man kann den Campus mit Öffentlichen Verkehrsmitteln vom Hauptbahnhof (Linien 112, 124) und aus dem Stadtzentrum (Linien 101, 102, 109, 111) innerhalb von ca. 15 min. erreichen

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Kontakt

  • Natja Mellendorf

    Mellendorf Natja HIPS-MINS

    Sekretariat

    0681 302-70200

    Kontakt

Beteiligte Gruppen