Die Forschungsaktivitäten der Helmholtz-Gemeinschaft gliedern sich in sechs Forschungsfelder, die jeweils mehrere Forschungsprogramme beinhalten. Alle fünf Jahre bewerben sich die 16 Helmholtz-Institute mit den von ihnen entworfenen Forschungsprogrammen in einem Wettbewerb um Forschungsgelder. 

Unser Institut konzentriert sich in der zweiten Förderphase der Helmholtz-Gemeinschaft ausschließlich auf das Programm "Infektion und Immunität" und optimierte und strukturierte das Programm hierfür grundlegend um. Das Programm soll dazu beitragen, die großen Herausforderungen der Infektionsforschung zu lösen. Basierend auf einer intensiven Grundlagenforschung sollen neue Strategien für die Vorsorge und Therapie von Infektionskrankheiten erarbeitet und so ein wesentlicher Beitrag zur öffentlichen Gesundheit geleistet werden. Im Rahmen dieser langfristigen Zielsetzung wurden die einzelnen Forschungsprojekte des HZI in fünf Themengebiete eingeteilt: 

- Mirkobielle Pathogenese

- Genetische Suszeptibilität und Abwehr des Wirtsorganismus

- Entzündung und Immunität

- Strategien für Vorsorge und Therapie

- Translatorische Infektionsforschung

Die Einteilung in diese Forschungsthemen ist ein wesentlicher Aspekt des Programms. Darüber hinaus findet ein intensiver Kontakt und Austausch zwischen den einzelnen Themen statt. Dies sichert den Erfolg des Programms.