Doktorand_in (w/m/d) Projekttitel: Heterologe Expression kryptischer Gencluster zur Entdeckung neuer Antibiotika
- Forschungsgruppe
- Antiinfectiva aus Microbiota
- Einstellungszeitpunkt
- Zum nächstmöglichen zeitpunkt
- Befristung
- Zunächst befristet für drei Jahre
- Probezeit
- 6 Monate
- Vergütung
- Angeglichen an E 13 TVöD Bund (55%)
- Bewerbungsfrist
- 30.10.2024
The Helmholtz Institute for Pharmaceutical Research Saarland (HIPS) focusses on identifying and developing new treatment options for infectious diseases with an emphasis on natural product research. Especially researchers in the department of Microbial Natural Products are aiming to identify, investigate and optimize novel natural product based actives, applying diverse approaches and methods mainly from the field of biotechnology, microbiology, molecular biology and biochemistry. HIPS was jointly started in August 2009 by the HZI in Braunschweig and Saarland University on Campus Saarbrücken.
In 2015 HIPS moved into a new 4500 m2 research building in which currently 220 international employees work. HIPS represents the first and only publicly funded extra-university research unit in Germany dedicated to pharmaceutical research. The Institute collaborates with universities and various industries both nationally and internationally.
The research project aims to study cryptic biosynthetic pathways encoded in protective bacterial symbionts. The newly generated knowledge should be transformed into novel natural products with protective (e.g. antibiotic) properties and biochemistry amiable for biotechnological processes.
The PhD project encompasses several key components and tasks:
- Genome Mining of Marine Bacterial Genomes and Metagenomics Datasets
- Undertaking genome sequencing efforts to explore (meta)genomes.
- Evaluation of gene cluster pathways of hybrid character (e.g. PKS-NRPS combinations).
- Heterologous Expression of Small Hybrid Gene Clusters:
- Design of gene constructs for expression in the host(s) of choice.
- Optimizing heterologous expression conditions
- Genetic manipulation of gene clusters and monitoring of product scaffolds by e.g. single point mutations, module exchange etc.
- Metabolomic Analysis of Heterologous Products:
- Utilizing high-resolution mass spectrometry to monitor product production.
- Identify products using advanced analytical tools (collaborating with experts).
Aufgaben
Im Rahmen dieses Projekts wird der erfolgreiche Kandidat zur Genomsequenzierung beitragen und sich dabei auf die Identifizierung kryptischer Gencluster konzentrieren, die in (Meta-)Genomen kodiert sind. Die heterologe Expression ausgewählter Sequenzen in verschiedenen Wirten wird mit anschließender Überwachung der Produktproduktion mittels hochauflösender Massenspektrometrie durchgeführt. Im Rahmen der Zusammenarbeit werden modernste analytische Instrumente zur Produktidentifizierung eingesetzt. Die heterolog exprimierten biosynthetischen En Dieser vielschichtige Ansatz wird es den Kandidaten ermöglichen, Fachwissen über fortgeschrittene molekularbiologische, biochemische und analytische Werkzeuge zu erwerben, mit dem Ziel, neue Naturstoffe mit antiinfektiösen Eigenschaften zu identifizieren.
Voraussetzungen
- Master-Abschluss oder gleichwertiger Abschluss in Biowissenschaften, Biotechnologie, Pharmazie, Chemie oder verwandten Bereichen.
- Umfassende Kenntnisse und praktische Erfahrung in Labor- und Analysetechniken, insbesondere PCR- und Klonierungstechniken, Primer-Design und Knock-out-Studien
- Allgemeines Verständnis chemischer und biochemischer Umwandlungen
- Fähigkeit, auf Details zu achten, selbstständig zu forschen und zielorientiert zu arbeiten.
- Bereitschaft, in einem pluralistischen, kollegialen, internationalen und interdisziplinären Umfeld zu arbeiten.
- Ausgezeichnete englische Kommunikationsfähigkeiten (schriftlich und mündlich); sehr gute Fähigkeiten im wissenschaftlichen Schreiben
Von Vorteil für diese Position:
- Erfahrung mit Sequenzierungsmethoden/-techniken der nächsten Generation
- Isolierung von Bakterienstämmen, mikrobielle Kultivierungstechniken, phylogenomische Analysen
- Analyse von Metaboliten mit MS-basierten Kopplungstechniken
Arbeitszeit
39 Stunden pro Woche
Wir bieten:
- Moderne Labore und hochmoderne Instrumente
- Ein dynamisches und internationales Forschungsumfeld
- Umfangreiche Weiterbildungsmöglichkeiten und die Möglichkeit, sich für ein strukturiertes Promotionsprogramm einzuschreiben
- Ein einzigartiges Netzwerk exzellenter Partner zur Unterstützung Ihrer Forschungsvorhaben
- 30 Tage Urlaub (24.12. & 31.12. gelten als vollständig freie Tage)
- Eine jährliche Zusatzzahlung (Weihnachtsgeld) analog zu § 20 TVöD
- Sozialversicherung inklusive
- Flexible Gestaltung von Arbeitszeit und Arbeitsplatz
- DO IT-Doktorandeninitiative https://www.helmholtz-hzi.de/de/karriere/do-it-doktorandeninitiative
- Willkommensbüro, Familienbüro
- Patenprogramm für neue Doktoranden
Schwerbehinderte werden bei gleicher fachlicher Eignung bevorzugt. Das HIPS strebt eine Unternehmenskultur der Wertschätzung und Förderung der Chancengleichheit von Frauen und Männern an. Die Stelle ist teilzeitgeeignet.
Bewerbung:
Bewerber müssen das Online-Bewerbungsformular hier ausfüllen: https://hzi.opencampus.net/ (Bitte wählen Sie die Stellenausschreibung Nr. 131/2024 aus.)
