Genome Analytics

Genomanalytik

As a research center with ongoing research and development, the Helmholtz Centre for Infection Research possesses broad expertise in gene expression analysis. Scientists at the center can use this service, but it is also available to external clients.

To find out which genes are involved in a particular infection process, the technology platform "Gene Expression Analysis" is an essential tool for scientists at the Helmholtz Centre for Infection Research. Tailor-made gene chips are configured here for researchers at the center or for outside partners. Gene chips make it possible to test which genes are active during certain metabolic processes. Support and advice are also available when using standardized chips from external, commercial providers.

Genotypisierung

Mit diesem Service bieten unsere Wissenschaftler auf den bekanntesten Mikroarray Technologieplattformen globale Genotypisierung für Wissenschaft und Industrie an. Viele langjährige Partner dieser Serviceeinheit benutzen diese Plattform zur Bestimmung von genomweiten Assoziationsstudien (GWAS), chromosomaler Kopienzahl (CNV Analyse) und Linkage-Analysen in der Populationsgenetik auf der Basis von ca. 60.000 bis 1 Mio Polymorphismen (SNPs) und varianten Bereichen (CNVs). Neben der Mikroarray-Technologie kommt für kleinere Genotypisierungprojekte das Roche LC480 real-time PCR  System zum Einsatz. Wir bieten unseren Partnern individuelle Service-Komplettpakete an, die sich von intensiven Beratungsgesprächen zum Projektdesign bis hin zu einer tiefen Datensystemanalyse erstrecken können. Hierbei verlassen sich unsere Partner auf unsere langjährigen Erfahrungen sowohl im akademischen als auch im industriellen Bereich.

Affymetrix

Genome-Wide Human SNP Array 6.0: Dieser Mikroarray ist speziell für die hochauflösende, globale Genotypisierung bzw. für eine hochauflösende CNV Analyse entwickelt wurden und ist mit zurzeit 1.8 Mio. genetischen Markern der einzige Mikroarray in dieser Dichte.  Mehr Informationen erhalten Sie hier.

Agilent

Mit der Agilent Technologie  bieten wir Ihnen eine offene Plattform für das individuelle Design Ihres CNV Mikroarrays. Hierbei können Sie auf eine Sammlung bereits validierter CNV Sonden  zurückgreifen oder gleich die bewährten Produkte  von Agilent auswählen. Mehr Informationen erhalten Sie hier.

Roche LightCycler® 480 Real-Time PCR System

Für die Genotypisierung bieten wir Ihnen zwei Verfahren zur sicheren Detektion von SNPs (single nucleotide polymorphism) an:

Schmelzkurvenanalyse (melting curve analysis)

Unterschiedliche Allele oder Allel-Kombinationen werden durch ein verändertes Schmelzverhalten der diagnostischen Sonde identifiziert. Der Vorteil dieser Methode ist, dass für die Detektion der unterschiedlichen Allele kein Allel-spezifisches Sonden-/Primerdesign erforderlich ist. Damit ist die Methodik vergleichsweise günstig.

Genotypisierung durch Endpunkt PCR Methode

unterschiedliche Allele werden durch spezielle Primer-/Sonden Kombinationen detektiert. Dabei wird jedes Allel spezifisch mit einer entsprechend markierten Sonde (Hydrolysis Probe) detektiert. Bitte greifen sie hierbei auf einen etablierten Assay zurück, wie zum Beispiel dem TaqMan® SNP Genotyping Assay.

Ansprechpartner:

    Petra Hagendorff

    Petra Hagendorff

    Technical Assistant

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