Genomanalytik

Genomanalytik

Das Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung verfügt dank kontinuierlicher Forschungs- und Entwicklungsarbeit über eine große Expertise in der Genexpressionsanalyse. Diesen Service können Wissenschaftler des Zentrums in Anspruch nehmen; er wird aber auch externen Kunden zur Verfügung gestellt.

Die Arbeitsgruppe "Genomanalytik" untersucht mit modernster Technologie die Erbsubstanz von mikrobiellen Erregern und ihren Wirten. Im Vordergrund steht hierbei die Entschlüsselung molekularer Mechanismen, die den Pathogenen erlauben Wirtszellen zu infizieren, um damit ihren schädlichen Einfluss auf den Wirtsorganismus auszuüben. 

Next Generation Sequencing

Der Service basiert auf der bekanntesten NGS Plattform, die zurzeit am Markt verfügbar ist: Der Illumina Genome Analyzer IIx. Dieses System wurde speziell für die Hochdurchsatz Sequenzierung entwickelt und ermöglicht in einem Lauf die Sequenzierung von etwa 50 Gigabasen (50 x109 Basen). Wenn Sie mehr zu dieser Technologie erfahren möchten, lesen Sie bitte hier weiter. Für Sie stehen in unserer Gruppe zwei Systeme zur Verfügung – inklusive der Erfahrung von mehr als vier Jahren.

Unterstützt werden diese Hochdurchsatz-Systeme durch ein flexibles Personal Sequencing System, dem MiSeq, der ebenfalls auf der Illumina Sequenziertechnologie beruht. Dieses System ermöglicht dem Anwender bei höchster Leistungsfähigkeit (Kapazität etwa 4-6 Mio Reads á 150bp in nur 24h) ein unkompliziertes und schnelles Analysieren der Proben. Optimiert ist das MiSeq System für die schnelle de novo Sequenzierung kleiner Genome (virale & mikrobielle Genome) sowie für diagnostische Anwendungen in der personalisierten Medizin im Bereich gezielter Abschnittssequenzierung („Targeted Resequencing“: Exon Sequenzierung, Amplikonsequenzierung). Lesen Sie hier hier mehr über das System.

Nutzen Sie die Erfahrung von mehr als 15 Jahren in unserer Serviceeinheit – die auch schon an den renommierten Genomforschungsprojekten zu Entschlüsselung der Genome beim Menschen, Affen, Schwein, Pferd und zahlreichen weiteren Organismen mitgewirkt hat. Wir bieten unseren Partnern individuelle Service-Komplettpakete an, die sich von intensiven Beratungsgesprächen zum Projektdesign bis hin zu einer tiefen Datensystemanalyse erstrecken können.

Technologien in der Serviceeinheit:

  • Transkriptomsequenzierung
  • microRNA Sequenzierung
  • Epigenomsequenzierung (ChIP-Seq, MeDIP-Seq, Bisulfite-methyl-Seq)
  • Targeted Resequencing

Ansprechpartner:

    Dr. Robert Geffers

    Leiter der Arbeitsgruppe Genomanalytik

    0531 6181-3058

    Kontakt


    Lebenslauf

    Robert Geffers studierte Biologie an der Universität Hamburg und schloss 1996 mit dem Diplom ab. Schon während des Studiums stand für ihn die angewandte Genomforschung im Vordergrund. In seiner Dissertation an der Technischen Universität Braunschweig beschäftigte er sich mit den molekularen Mechanismen der Genregulation. Noch während seiner Promotionszeit wechselte er als Projektleiter in das Bioinformatik Unternehmen BIOBASE GmbH in Wolfenbüttel, um dort die Entwicklung Datenbank gestützter Modellierung pflanzlicher Genregulationsnetzwerke zu übernehmen.

    Im Jahr 2002 wechselte er in die Nachwuchsarbeitsgruppe „Mukosale Immunität“ am HZI, damals GBF. Im Jahr 2003 übernahm er die Leitung und etablierte die Mikroarray Analytik zu einem zentrumsweiten Transkriptomanalytik Service. Seit 2011 leitet Robert Geffers die Arbeitsgruppe „Genomanalytik“ im Rahmen der wissenschaftlichen Serviceeinrichtungen am HZI und ermöglicht Wissenschaftlern modernste Technologien zur Analyse des Genoms, Epigenoms und Transkriptoms zu nutzen.

    alia

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