Genomanalytik

Genomanalytik

Das Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung verfügt dank kontinuierlicher Forschungs- und Entwicklungsarbeit über eine große Expertise in der Genexpressionsanalyse. Diesen Service können Wissenschaftler des Zentrums in Anspruch nehmen; er wird aber auch externen Kunden zur Verfügung gestellt.

Die Arbeitsgruppe "Genomanalytik" untersucht mit modernster Technologie die Erbsubstanz von mikrobiellen Erregern und ihren Wirten. Im Vordergrund steht hierbei die Entschlüsselung molekularer Mechanismen, die den Pathogenen erlauben Wirtszellen zu infizieren, um damit ihren schädlichen Einfluss auf den Wirtsorganismus auszuüben. 

Genotypisierung

Mit diesem Service bieten unsere Wissenschaftler auf den bekanntesten Mikroarray Technologieplattformen globale Genotypisierung für Wissenschaft und Industrie an. Viele langjährige Partner dieser Serviceeinheit benutzen diese Plattform zur Bestimmung von genomweiten Assoziationsstudien (GWAS), chromosomaler Kopienzahl (CNV Analyse) und Linkage-Analysen in der Populationsgenetik auf der Basis von ca. 60.000 bis 1 Mio Polymorphismen (SNPs) und varianten Bereichen (CNVs).

Neben der Mikroarray-Technologie kommt für kleinere Genotypisierungprojekte das Roche LC480 real-time PCR  System zum Einsatz. Wir bieten unseren Partnern individuelle Service-Komplettpakete an, die sich von intensiven Beratungsgesprächen zum Projektdesign bis hin zu einer tiefen Datensystemanalyse erstrecken können.

Hierbei verlassen sich unsere Partner auf unsere langjährigen Erfahrungen sowohl im akademischen als auch im industriellen Bereich.

Affymetrix

Genome-Wide Human SNP Array 6.0: Dieser Mikroarray ist speziell für die hochauflösende, globale Genotypisierung bzw. für eine hochauflösende CNV Analyse entwickelt wurden und ist mit zurzeit 1.8 Mio. genetischen Markern der einzige Mikroarray in dieser Dichte.  Mehr Informationen erhalten Sie hier.

Agilent

Mit der Agilent Technologie  bieten wir Ihnen eine offene Plattform für das individuelle Design Ihres CNV Mikroarrays. Hierbei können Sie auf eine Sammlung bereits validierter CNV Sonden  zurückgreifen oder gleich die bewährten Produkte  von Agilent auswählen. Mehr Informationen erhalten Sie hier.

Roche LightCycler® 480 Real-Time PCR System

Für die Genotypisierung bieten wir Ihnen zwei Verfahren zur sicheren Detektion von SNPs (single nucleotide polymorphism) an:

  • Schmelzkurvenanalyse (melting curve analysis)

Unterschiedliche Allele oder Allel-Kombinationen werden durch ein verändertes Schmelzverhalten der diagnostischen Sonde identifiziert. Der Vorteil dieser Methode ist, dass für die Detektion der unterschiedlichen Allele kein Allel-spezifisches Sonden-/Primerdesign erforderlich ist. Damit ist die Methodik vergleichsweise günstig.

  • Genotypisierung durch Endpunkt PCR Methode

Unterschiedliche Allele werden durch spezielle Primer-/Sonden Kombinationen detektiert. Dabei wird jedes Allel spezifisch mit einer entsprechend markierten Sonde (Hydrolysis Probe) detektiert. Bitte greifen sie hierbei auf einen etablierten Assay zurück, wie zum Beispiel dem TaqMan® SNP Genotyping Assay.

Ansprechpartner:

    Dr. Robert Geffers

    Leiter der Arbeitsgruppe Genomanalytik

    0531 6181-3058

    Kontakt


    Lebenslauf

    Robert Geffers studierte Biologie an der Universität Hamburg und schloss 1996 mit dem Diplom ab. Schon während des Studiums stand für ihn die angewandte Genomforschung im Vordergrund. In seiner Dissertation an der Technischen Universität Braunschweig beschäftigte er sich mit den molekularen Mechanismen der Genregulation. Noch während seiner Promotionszeit wechselte er als Projektleiter in das Bioinformatik Unternehmen BIOBASE GmbH in Wolfenbüttel, um dort die Entwicklung Datenbank gestützter Modellierung pflanzlicher Genregulationsnetzwerke zu übernehmen.

    Im Jahr 2002 wechselte er in die Nachwuchsarbeitsgruppe „Mukosale Immunität“ am HZI, damals GBF. Im Jahr 2003 übernahm er die Leitung und etablierte die Mikroarray Analytik zu einem zentrumsweiten Transkriptomanalytik Service. Seit 2011 leitet Robert Geffers die Arbeitsgruppe „Genomanalytik“ im Rahmen der wissenschaftlichen Serviceeinrichtungen am HZI und ermöglicht Wissenschaftlern modernste Technologien zur Analyse des Genoms, Epigenoms und Transkriptoms zu nutzen.

    alia

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