Genomanalytik

Genomanalytik

Das Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung verfügt dank kontinuierlicher Forschungs- und Entwicklungsarbeit über eine große Expertise in der Genexpressionsanalyse. Diesen Service können Wissenschaftler des Zentrums in Anspruch nehmen; er wird aber auch externen Kunden zur Verfügung gestellt.

Die Arbeitsgruppe "Genomanalytik" untersucht mit modernster Technologie die Erbsubstanz von mikrobiellen Erregern und ihren Wirten. Im Vordergrund steht hierbei die Entschlüsselung molekularer Mechanismen, die den Pathogenen erlauben Wirtszellen zu infizieren, um damit ihren schädlichen Einfluss auf den Wirtsorganismus auszuüben. 

Expression Profiling

(Transkriptomanalyse: mRNA & microRNA)

Dieser Service bietet auf den bekanntesten Mikroarray Technologieplattformen globale Genexpressionsanalyse für Wissenschaft und Industrie an. Neben der Mikroarray-Technologie kommt auch das vor allem in der Diagnostik geschätzte Roche LC480 real-time PCR System zum Einsatz.

Wir bieten unseren Partnern individuelle Service-Komplettpakete an, die sich von intensiven Beratungsgesprächen zum Projektdesign bis hin zu einer tiefen Datensystemanalyse erstrecken. Hierbei verlassen sich unsere Partner auf unsere langjährigen Erfahrungen sowohl im akademischen als auch im industriellen Bereich.

A) Affymetrix

(3´ Array, Gene Array, Exon Array, microRNA Array)

Affymetrix Gene Chips® sind sehr häufig verwendete Mikroarrays für die Expressionsanalyse. Jedes Transkript wird durch mehrere 25mer Oligonukleotidsonden gemessen und liefert daher besonders verlässliche Daten für die quantitative Expressionsbestimmung. Die Gene Chip® Familie zeichnet sich durch ein besonders umfangreiches Angebot verschiedener Organismen aus. Für die unterschiedlichen Anforderungen in der Expressionsanalyse stehen verschiedene Mikroarray Formate zur Verfügung (3´ Array, Gene Array, Exon Array, microRNA Array). Bitte sprechen Sie uns an, wenn Sie mehr über die Technologie oder das Spektrum verfügbarer Organismen erfahren möchten oder folgen Sie diesem Link.

Transparenz und Qualität Ihrer Daten sind uns wichtig. Jeder einzelne Schritt in der Bearbeitung der Proben wird dokumentiert und dem finalen Datensatz als Metadaten hinzugefügt. Die Quantität und Qualität jeder eingereichten Probe wird im Nanodrop ND-1000 UV Spektrophotometer vermessen und die Integrität der RNA Probe im Agilent BioAnalyzer 2100 Eletrophoresesystem bestimmt. So können wir gewährleisten, dass Sie zu 100% Ihren Analysen trauen können.

Für die unterschiedlichen Mikroarrayformate sind die Protokolle fest etabliert. Bitte sprechen Sie uns an, wenn Sie mehr über die  Anforderungen an die RNA Proben wissen möchten. Sie können natürlich auch Gebrauch von unserem RNA Extraktionsservice machen. Dann brauchen Sie uns nur noch die Zellen zu schicken.

Nach der erfolgten Analyse erhalten Sie von uns eine Nachricht mit Informationen zum geschützten Download Ihrer Daten. Sie bekommen von uns neben den o. g. Metadaten zum Experiment die Rohdaten (Cel-Dateien) und eine Excel-Datei mit den normalisierten und kondensierten Expressionsdaten. Je nach Vereinbarung können Sie auch noch weitere Analysen, wie z.B. statistische Vergleiche, Cluster-Analysen und Pathway-Analysen erhalten.

B) Agilent Mikroarrays

(3´ Array, Exon Array, microRNA Array)

Die Agilent Mikroarray Plattform zeichnet sich durch die besondere Flexibilität im individuellen Design der Expressionsarrays aus. Mit der sogenannten SurePrint Technologie lässt sich für jede Anwendung und jeden Organismus ein maßgeschneiderter Expressionschip herstellen. Der Anwender legt dabei fest, welche Gene oder Gengruppen (z.B. Pathways) im Vordergrund seiner Analyse stehen sollen. Diese Vorgabe wird dann  kostenfrei in ein Mikroarrayformat übersetzt. Bis zu 1 Mio Features (60mer Oligonukleotidsonden) lassen sich auf einem Mikroarraychip abbilden. Außerdem besteht die Möglichkeit bis zu acht Mikroarrays auf einem Chip zu platzieren.

Neben den individuellen Mikroarrayformaten bieten wir Ihnen auch eine Auswahl validierter Expressionsarrays für die globale Expressionsanalyse (mRNA) und microRNA häufig verwendeter Modellorganismen an. Bitte sprechen sie uns an, wenn Sie mehr über die Technologie oder das Spektrum verfügbarer Organismen erfahren möchten oder folgen Sie diesem Link.

Transparenz und Qualität Ihrer Daten sind uns wichtig. Jeder einzelne Schritt in der Bearbeitung der Proben wird dokumentiert und dem finalen Datensatz als Metadaten hinzugefügt. Die Quantität und Qualität jeder eingereichten Probe wird im Nanodrop ND-1000 UV Spektrophotometer vermessen und die Integrität der RNA Probe im Agilent BioAnalyzer 2100 Eletrophoresesystem bestimmt. So können wir gewährleisten, dass Sie zu 100% Ihren Analysen trauen können.

Für die unterschiedlichen Mikroarrayformate sind die Protokolle fest etabliert. Bitte sprechen Sie uns an, wenn Sie mehr über die  Anforderungen an die RNA Proben wissen möchten. Sie können natürlich auch Gebrauch von unserem RNA Extraktionsservice machen. Dann brauchen Sie uns nur noch die Zellen zu schicken.

Nach der erfolgten Analyse erhalten Sie von uns eine Nachricht mit Informationen zum geschützten Download Ihrer Daten. Sie bekommen von uns neben den o. g. Metadaten zum Experiment die Rohdaten (txt/pdf-Dateien) und eine Excel-Datei mit den normalisierten Expressionsdaten. Je nach Vereinbarung können Sie auch noch weitere Analysen, wie z.B. statistische Vergleiche, Cluster-Analysen und Pathway-Analysen erhalten.

C) Real-time PCR

(Roche LightCycler® 480)

Das LightCycler® 480 Real-Time PCR System ist eine automatisierbare real-time PCR Plattform für die simultane qualitative und quantitative RNA/DNA Messung. Wir bieten unseren Kunden PCR-Assays für die Expressionsanalyse und für die Genotypisierung an. Je nach Projektdesign kann auf verschiedene etablierte Protokolle zugegriffen werden. Wenn es gewünscht ist, machen wir auch gerne Vorschläge zu einem passenden Primer/Sonden Design oder benutzen Sie gleich den RealTime ready Configurator.

Selbstverständlich unterstützen wir Sie auch gerne bei der Umsetzung bereits existierender Protokolle auf das LightCycler® 480 Real-Time PCR System. Folgende Anwendungen sind für Sie bereits auf unserem System etabliert:

Expressionsanalyse (mRNA)

Absolute und relative Quantifizierung mit etablierten Primer-Sonden Assay für über 1000 Zielgene. Daneben können Sie auch auf etablierte Assays von Roche zugreifen (RealTime ready Produkte).

Individuelle Assay-Vorschläge für SYBR-Green oder Universal Probe Library basierte Anwendungen als Single- oder Multiplexvariante erhalten Sie bei uns kostenfrei.

Für größere Projekte lassen sich die Arbeitsprozesse auch automatisieren. Ihr Vorteil: Bei nur geringem personellem Aufwand lässt sich das Projekt schnellstmöglich ohne „Ausfallzeiten“ realisieren. Eingebaute, standardisierte Reports ermöglichen ein lückenloses  Qualitätsmanagement.

Expressionsanalyse (microRNA)

Im Bereich der microRNA Expressionsanalyse bieten wir Ihnen ein System von der Firma EXIQON an. Validierte und optimierte LNA™-enhanced Primerkombinationen ermöglichen besonders sensitive und präzise Quantifizierung selbst bei eng verwandten microRNAs. Das miRCURY LNA™ Universal RT microRNA PCR eignet sich besonders für Proben aus Blutserum/Plasma.

Transparenz und Qualität Ihrer Daten sind uns wichtig. Jeder einzelne Schritt in der Bearbeitung der Proben wird dokumentiert und dem finalen Datensatz als Metadaten hinzugefügt. Die Quantität und Qualität jeder eingereichten Probe wird im Nanodrop ND-1000 UV Spektrophotometer vermessen und die Integrität der RNA Probe im Agilent BioAnalyzer 2100 Eletrophoresesystem bestimmt. So können wir gewährleisten, dass Sie zu 100% Ihren Analysen trauen können.

Für die unterschiedlichen real-time PCR Formate sind die Protokolle fest etabliert. Bitte sprechen Sie uns an, wenn Sie mehr über die  Anforderungen an die RNA Proben wissen möchten. Sie können natürlich auch Gebrauch von unserem RNA Extraktionsservice machen. Dann brauchen Sie uns nur noch die Zellen zu schicken.

Nach der erfolgten Analyse erhalten Sie von uns eine Nachricht mit Informationen zum geschützten Download Ihrer Daten. Sie bekommen von uns neben den o. g. Metadaten zum Experiment die Rohdaten (pdf-Dateien) und eine Excel-Datei mit den normalisierten Expressionsdaten. Je nach Vereinbarung können Sie auch noch weitere Analysen, wie z.B. statistische Vergleiche, Cluster-Analysen und Pathway-Analysen erhalten. 

Ansprechpartner:

    Dr. Robert Geffers

    Leiter der Arbeitsgruppe Genomanalytik

    0531 6181-3058

    Kontakt


    Lebenslauf

    Robert Geffers studierte Biologie an der Universität Hamburg und schloss 1996 mit dem Diplom ab. Schon während des Studiums stand für ihn die angewandte Genomforschung im Vordergrund. In seiner Dissertation an der Technischen Universität Braunschweig beschäftigte er sich mit den molekularen Mechanismen der Genregulation. Noch während seiner Promotionszeit wechselte er als Projektleiter in das Bioinformatik Unternehmen BIOBASE GmbH in Wolfenbüttel, um dort die Entwicklung Datenbank gestützter Modellierung pflanzlicher Genregulationsnetzwerke zu übernehmen.

    Im Jahr 2002 wechselte er in die Nachwuchsarbeitsgruppe „Mukosale Immunität“ am HZI, damals GBF. Im Jahr 2003 übernahm er die Leitung und etablierte die Mikroarray Analytik zu einem zentrumsweiten Transkriptomanalytik Service. Seit 2011 leitet Robert Geffers die Arbeitsgruppe „Genomanalytik“ im Rahmen der wissenschaftlichen Serviceeinrichtungen am HZI und ermöglicht Wissenschaftlern modernste Technologien zur Analyse des Genoms, Epigenoms und Transkriptoms zu nutzen.

    alia

Leitung

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