Zelluläre Proteomforschung
Leitung
Proteomanalytik
Diese analytische Plattform unterstützt Proteomforschung im Rahmen kooperativer Projekte. Wir kombinieren hierfür Expertise in Biochemie, Massenspektrometrie (MS) und Biostatistik, und entsprechen damit den Anforderungen von translationaler Forschung und Forschungsansätzen auf Systemebene. Unsere Forschungs- und Entwicklungsarbeiten konzentrieren sich auf die Charakterisierung von Proteinen, die eine wichtige Funktion in Infektionen haben und bevorzugte Ziele in der Wirkstoffforschung sind. Die Plattform trägt zur Identifizierung neuer Zielproteine bei, die in Pathogen-Wirt-Interaktionen und immunologischen Reaktionen entscheidend den Verlauf von Infektionsprozessen koordinieren.
Wir unterstützen:
- De novo-Proteinanalytik (ETD/MSn)
- Quantitative Proteomanalysen (TMT, iTRAQ, SILAC)
- Molekulare Phänotypisierung von Geweben und Zellen
- Generierung von Spender- und Patienten-spezifischen Proteomprofilen
- Interaktom-Studien (IP-MS)
- Analyse post-translationaler Proteinmodifikationen (u.a. Phosphorylierung, Ubiquitinierung, Glykosylierung)
- Identifizierung von Proteinen für Wirkstoffentwicklungen
- In situ Proteomik mittels Laser-Mikrodissektionsmikroskopie (neu)
Equipment
Die Plattform nutzt moderne Verfahren der Massenspektromerie (MS) und Proteomik einschließlich Orbitrap MS (Velos Pro & ETD-Fusion), SILAC-, iTRAQ- und TMT-Technologien sowie Analysesoftware und Datenbanken (z.B. ProteomDiscoverer, MaxQuant und Peaks Studio).
Für Projekte im Bereich Klinische Proteomik und Kohortenstudien (Epidemiologie) steht zudem Ionenmobilitäts-Massenspektrometrie (timsTOF pro) inklusive automatischer Probenvorbereitung (BRAVO, Evosep) zur Verfügung. Die Analyse komplexer Datensätze („big data“) in klinischen und translationalen Projekten wird durch die Gruppe von Prof. Frank Klawonn unterstützt.
Darüber hinaus sind in situ Analysen von Infektionsprozessen mittels Laser-Dissektionsmikroskopie (Palm, Zeiss) in dieser MS Einheit möglich. Wir unterstützen die Analyse von subzellulären Strukturen oder Gewebebereichen für alle Omic-Technologien (Kooperation Prof. Theresia Stradal). Proteomanalysen können ab 10.000 sortierten Zellen durchgeführt werden.
Sind Sie Kliniker oder Forscher in den Bereichen Infektion, Immunologie bzw. Wirkstoffforschung mit Bedarf an Proteomanalysen?
Ansprechpartner
- Dr. Manfred Nimtz (de novo & PTM Proteinanalytik)
- Dr. Josef Wissing (Proteomanalysen & Interaktomik)
- Dr. Marco vanHam (in situ-Proteomanalysen)
- Prof. Dr. Lothar Jänsch
News
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