Mikrobielle Interaktionen und Prozesse

Mikroorganismen leben in ihren natürlichen Lebensräumen in komplexen Gemeinschaften und auch der menschliche Körper ist ein solcher Lebensraum. Wir sind von Bakterien in solchen Mengen besiedelt, dass sie die Zahl der menschlichen Zellen weit übersteigt. Diese wirtsassoziierten Mikroorganismen können unsere Gesundheit fördern – oder ein Reservoir für Krankheitserreger sein.

Leitung

Publikationen

  • Autoren: Akmatov,M.K.; Koch,N.; Vital,M.; Ahrens,W.; Flesch-Janys,D.; Fricke,J.; Gatzemeier,A.; Greiser,H.; Gunther,K.; Illig,T.; Kaaks,R.; Krone,B.; Kuhn,A.; Linseisen,J.; Meisinger,C.; Michels,K.; Moebus,S.; Nieters,A.; Obi,N.; Schultze,A.; Six-Merker,J.; Pieper,D.H.; Pessler,F.; ( Jahr: 2017). Title: Determination of nasal and oropharyngeal microbiomes in a multicenter population-based study - findings from Pretest 1 of the German National Cohort. Zeitschrift: Sci.Rep. Band: 7 Issue: 1, S-Seite: 1855 PubMed
  • Autoren: Babbar,A.; Nitsche-Schmitz,D.P.; Pieper,D.H.; Barrantes,I.; ( Jahr: 2017). Title: Draft Genome Sequence of Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis Strain C161L1 Isolated in Vellore, India. Zeitschrift: Genome Announc. Band: 5 Issue: 19, S-Seite: pii: e00336-17 DOI: 10.1128/genomeA.00336-17. PubMed
  • Autoren: Itzek,A.; Chen,Z.; Merritt,J.; Kreth,J.; ( Jahr: 2017). Title: Effect of salivary agglutination on oral streptococcal clearance by human polymorphonuclear neutrophil granulocytes. Zeitschrift: Mol.Oral Microbiol. Band: 32 Issue: 3, S-Seite: 197- E-Seite: 210 DOI: 10.1111/omi.12164 WEBURLS
  • Autoren: Duarte,M.; Nielsen,A.; Camarinha-Silva,A.; Vilchez-Vargas,R.; Bruls,T.; Wos-Oxley,M.L.; Jauregui,R.; Pieper,D.H.; ( Jahr: 2017). Title: Functional soil metagenomics: Elucidation of polycyclic aromatic hydrocarbon degradation potential following 12 years of in situ bioremediation. Zeitschrift: Environmental Microbiology DOI: 10.1111/1462-2920.13756 PubMed
  • Autoren: Amitay,E.L.; Werner,S.; Vital,M.; Pieper,D.H.; Hofler,D.; Gierse,I.J.; Butt,J.; Balavarca,Y.; Cuk,K.; Brenner,H.; ( Jahr: 2017). Title: Fusobacterium and colorectal cancer: Causal factor or passenger? Results from a large colorectal cancer screening study. Zeitschrift: Carcinogenesis DOI: 10.1093/carcin/bgx053 PubMed
  • Autoren: Camarinha-Silva,A.; Maushammer,M.; Wellmann,R.; Vital,M.; Preuss,S.; Bennewitz,J.; ( Jahr: 2017). Title: Host genome influence on gut microbial composition and microbial prediction of complex traits in pigs. Zeitschrift: Genetics Band: 206 Issue: 3, S-Seite: 1637- E-Seite: 1644 DOI: 10.1534/genetics.117.200782 WEBURLS
  • Autoren: Heidrich,B.; Vital,M.; Plumeier,I.; Doscher,N.; Kahl,S.; Kirschner,J.; Ziegert,S.; Solbach,P.; Lenzen,H.; Potthoff,A.; Manns,M.P.; Wedemeyer,H.; Pieper,D.H.; ( Jahr: 2017). Title: Intestinal microbiota in patients with chronic hepatitis C with and without liver cirrhosis compared to healthy controls. Zeitschrift: Liver Int. DOI: 10.1111/liv.13485 PubMed
  • Autoren: Truchado,P.; Hernandez-Sanabria,E.; Salden,B.N.; Van den Abbeele,P.; Vilchez-Vargas,R.; Jauregui,R.; Pieper,D.H.; Possemiers,S.; Van De Wiele,T.; ( Jahr: 2017). Title: Long chain arabinoxylans shift the mucosa-associated microbiota in the proximal colon of the simulator of the human intestinal microbial ecosystem (M-SHIME). Zeitschrift: J.Funct.Foods Band: 32, S-Seite: 226- E-Seite: 237 DOI: 10.1016/j.jff.2017.02.004 WEBURLS
  • Autoren: Babbar,A.; Kumar,V.N.; Bergmann,R.; Barrantes,I.; Pieper,D.H.; Itzek,A.; Nitsche-Schmitz,D.P.; ( Jahr: 2017). Title: Members of a new subgroup of Streptococcus anginosus harbor virulence related genes previously observed in Streptococcus pyogenes. Zeitschrift: International Journal of Medical Microbiology Band: 307 Issue: 3, S-Seite: 174- E-Seite: 181 PubMed
  • Autoren: Adam,I.K.U.; Duarte,M.; Pathmanathan,J.; Miltner,A.; Brüls,T.; Kästner,M.; ( Jahr: 2017). Title: Microbial communities in pyrene amended soil-compost mixture and fertilized soil. Zeitschrift: AMB Express Band: 7 Issue: 1, S-Seite: Article number 7 DOI: 10.1186/s13568-016-0306-9 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Ruiz,A.; Cerdó,T.; Jauregui,R.; Pieper,D.H.; Marcos,A.; Clemente,A.; Garcia,F.; Margolles,A.; Ferrer,M.; Campoy,C.; Suárez,A.; ( Jahr: 2017). Title: One-year calorie restriction impacts gut microbial composition but not its metabolic performance in obese adolescents. Zeitschrift: Environmental Microbiology Band: 19 Issue: 4, S-Seite: 1536- E-Seite: 1551 DOI: 10.1111/1462-2920.13713 WEBURLS
  • Autoren: Rath,S.; Heidrich,B.; Pieper,D.H.; Vital,M.; ( Jahr: 2017). Title: Uncovering the trimethylamine-producing bacteria of the human gut microbiota. Zeitschrift: Microbiome. Band: 5 Issue: 1, S-Seite: 54 DOI: 10.1186/s40168-017-0271-9 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Van den Bossche,L.; Hindryckx,P.; Devisscher,L.; Devriese,S.; Van Welden,S.; Holvoet,T.; Vilchez-Vargas,R.; Vital,M.; Pieper,D.H.; Bussche,J.V.; Vanhaecke,L.; Van De Wiele,T.; De Vos,M.; Laukens,D.; ( Jahr: 2017). Title: Ursodeoxycholic acid and its taurine- or glycine-conjugated species reduce colitogenic dysbiosis and equally suppress experimental colitis in mice. Zeitschrift: Appl.Environ.Microbiol. Band: 83 Issue: 7 DOI: 10.1128/AEM.02766-16 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Witte,T.; Pieper,D.H.; Heidrich,B.; ( Jahr: 2017). Title: [Intestinal microbiota in individualized therapies]. Zeitschrift: Internist (Berl) DOI: 10.1007/s00108-017-0259-3 PubMed
  • Autoren: Courtens,E.N.; Spieck,E.; Vilchez-Vargas,R.; Bode,S.; Boeckx,P.; Schouten,S.; Jauregui,R.; Pieper,D.H.; Vlaeminck,S.E.; Boon,N.; ( Jahr: 2016). Title: A robust nitrifying community in a bioreactor at 50 degrees C opens up the path for thermophilic nitrogen removal. Zeitschrift: ISME J Band: 10 Issue: 9, S-Seite: 2293- E-Seite: 2303 PubMed
  • Autoren: Yakimov,M.M.; Crisafi,F.; Messina,E.; Smedile,F.; Lopatina,A.; Denaro,R.; Pieper,D.H.; Golyshin,P.N.; Giuliano,L.; ( Jahr: 2016). Title: Analysis of defence systems and a conjugative IncP-1 plasmid in the marine polyaromatic hydrocarbons-degrading bacterium Cycloclasticus sp. 78-ME. Zeitschrift: Environ.Microbiol.Rep. Band: 8 Issue: 4, S-Seite: 508- E-Seite: 519 DOI: 10.1111/1758-2229.12424 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Milici,M.; Tomasch,J.; Wos-Oxley,M.L.; Decelle,J.; Jauregui,R.; Wang,H.; Deng,Z.L.; Plumeier,I.; Giebel,H.A.; Badewien,T.H.; Wurst,M.; Pieper,D.H.; Simon,M.; Wagner-Döbler,I.; ( Jahr: 2016). Title: Bacterioplankton Biogeography of the Atlantic Ocean: A Case Study of the Distance-Decay Relationship. Zeitschrift: Front Microbiol. Band: 7, S-Seite: 590 DOI: 10.3389/fmicb.2016.00590 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Verstraelen,H.; Vilchez-Vargas,R.; Desimpel,F.; Jauregui,R.; Vankeirsbilck,N.; Weyers,S.; Verhelst,R.; De,Sutter P.; Pieper,D.H.; Van de,Wiele T.; ( Jahr: 2016). Title: Characterisation of the human uterine microbiome in non-pregnant women through deep sequencing of the V1-2 region of the 16S rRNA gene. Zeitschrift: PeerJ Band: 4, S-Seite: e1602 DOI: 10.7717/peerj.1602 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Milici,M.; Deng,Z.L.; Tomasch,J.; Decelle,J.; Wos-Oxley,M.L.; Wang,H.; Jauregui,R.; Plumeier,I.; Giebel,H.A.; Badewien,T.H.; Wurst,M.; Pieper,D.H.; Simon,M.; Wagner-Döbler,I.; ( Jahr: 2016). Title: Co-occurrence Analysis of Microbial Taxa in the Atlantic Ocean Reveals High Connectivity in the Free-Living Bacterioplankton. Zeitschrift: Front Microbiol. Band: 7, S-Seite: 649 DOI: 10.3389/fmicb.2016.00649 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Giuliani,C.; Marzorati,M.; Innocenti,M.; Vilchez-Vargas,R.; Vital,M.; Pieper,D.H.; Van de,Wiele T.; Mulinacci,N.; ( Jahr: 2016). Title: Dietary supplement based on stilbenes: a focus on gut microbial metabolism by the in vitro simulator M-SHIME(R). Zeitschrift: Food Funct. Band: 7 Issue: 11, S-Seite: 4564- E-Seite: 4575 PubMed
  • Autoren: Ehsani,E.; Barrantes,I.; Vandermaesen,J.; Geffers,R.; Jarek,M.; Boon,N.; Springael,D.; Pieper,D.H.; Vilchez-Vargas,R.; ( Jahr: 2016). Title: Draft Genome Sequence of Aeromonas sp. Strain EERV15. Zeitschrift: Genome Announc. Band: 4 Issue: 4, S-Seite: e00811-16 DOI: 10.1128/genomeA.00811-16 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Galvez,E.J.; Carrillo-Castro,K.; Zarate,L.; Guiza,L.; Pieper,D.H.; Garcia-Bonilla,E.; Salazar,M.; Junca,H.; ( Jahr: 2016). Title: Draft Genome Sequence of Bacillus licheniformis CG-B52, a Highly Virulent Bacterium of Pacific White Shrimp (Litopenaeus vannamei), Isolated from a Colombian Caribbean Aquaculture Outbreak. Zeitschrift: Genome Announc. Band: 4 Issue: 3 DOI: 10.1128/genomeA.00321-16 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Puente-Sanchez,F.; Pieper,D.H.; Arce-Rodriguez,A.; ( Jahr: 2016). Title: Draft Genome Sequence of the Deep-Subsurface Actinobacterium Tessaracoccus lapidicaptus IPBSL-7T. Zeitschrift: Genome Announc. Band: 4 Issue: 5, S-Seite: e01078-16 DOI: 10.1128/genomeA.01078-16. HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Korsch,M.; Marten,S.M.; Dötsch,A.; Jauregui,R.; Pieper,D.H.; Obst,U.; ( Jahr: 2016). Title: Effect of dental cements on peri-implant microbial community: comparison of the microbial communities inhabiting the peri-implant tissue when using different luting cements. Zeitschrift: Clin.Oral Implants Res. Band: 27 Issue: 12, S-Seite: e161- E-Seite: e166 DOI: 10.1111/clr.12582 PubMed
  • Autoren: Courtens,E.N.P.; Vandekerckhove,T.; Prat,D.; Vilchez-Vargas,R.; Vital,M.; Pieper,D.H.; Meerbergen,K.; Lievens,B.; Boon,N.; Vlaeminck,S.E.; ( Jahr: 2016). Title: Empowering a mesophilic inoculum for thermophilic nitrification: Growth mode and temperature pattern as critical proliferation factors for archaeal ammonia oxidizers. Zeitschrift: Water Res. Band: 92, S-Seite: 94- E-Seite: 103 DOI: 10.1016/j.watres.2016.01.022 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Wos-Oxley,M.L.; Chaves-Moreno,D.; Jauregui,R.; Oxley,A.P.; Kaspar,U.; Plumeier,I.; Kahl,S.; Rudack,C.; Becker,K.; Pieper,D.H.; ( Jahr: 2016). Title: Exploring the bacterial assemblages along the human nasal passage. Zeitschrift: Environmental Microbiology Band: 18 Issue: 7, S-Seite: 2259- E-Seite: 2271 DOI: 10.1111/1462-2920.13378 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Chaves-Moreno,D.; Wos-Oxley,M.L.; Jauregui,R.; Medina,E.; Oxley,A.P.; Pieper,D.H.; ( Jahr: 2016). Title: Exploring the transcriptome of Staphylococcus aureus in its natural niche. Zeitschrift: Sci Rep. Band: 6, S-Seite: 33174 DOI: 10.1038/srep33174 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Stallmach,A.; Lange,K.; Buening,J.; Sina,C.; Vital,M.; Pieper,D.H.; ( Jahr: 2016). Title: Fecal Microbiota Transfer in Patients With Chronic Antibiotic-Refractory Pouchitis. Zeitschrift: Am J Gastroenterol. Band: 111 Issue: 3, S-Seite: 441- E-Seite: 443 DOI: 10.1038/ajg.2015.436 PubMed
  • Autoren: Heidrich,B.; Steinmann,E.; Plumeier,I.; Kirschner,J.; Sollik,L.; Ziegert,S.; Engelmann,M.; Lehmann,P.; Manns,M.P.; Pieper,D.H.; Wedemeyer,H.; ( Jahr: 2016). Title: Frequent detection of HCV RNA and HCVcoreAg in stool of patients with chronic hepatitis C. Zeitschrift: J.Clin.Virol. Band: 80, S-Seite: 1- E-Seite: 7 DOI: 10.1016/j.jcv.2016.04.006 WEBURLS
  • Autoren: Marzorati,M.; Vilchez-Vargas,R.; Bussche,J.V.; Truchado,P.; Jauregui,R.; Hage,R.A.; Pieper,D.H.; Vanhaecke,L.; De Wiele,T.V.; ( Jahr: 2016). Title: High-fiber and high-protein diets shape different gut microbial communities, which ecologically behave similarly under stress conditions, as shown in a gastrointestinal simulator. Zeitschrift: Mol.Nutr.Food Res Band: 61 PubMed
  • Autoren: Meerburg,F.A.; Vlaeminck,S.E.; Roume,H.; Seuntjens,D.; Pieper,D.H.; Jauregui,R.; Vilchez-Vargas,R.; Boon,N.; ( Jahr: 2016). Title: High-rate activated sludge communities have a distinctly different structure compared to low-rate sludge communities, and are less sensitive towards environmental and operational variables. Zeitschrift: Water Res Band: 100, S-Seite: 137- E-Seite: 145 DOI: 10.1016/j.watres.2016.04.076 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Van,Herreweghen F.; Van den,Abbeele P.; De,Mulder T.; De,Weirdt R.; Geirnaert,A.; Hernandez-Sanabria,E.; Vilchez-Vargas,R.; Jauregui,R.; Pieper,D.H.; Belzer,C.; de Vos,W.M.; Van de,Wiele T.; ( Jahr: 2016). Title: In vitro colonisation of the distal colon by Akkermansia muciniphila is largely mucin and pH dependent. Zeitschrift: Benef.Microbes Band: 8 Issue: 1, S-Seite: 81- E-Seite: 96 PubMed
  • Autoren: Borda-Molina,D.; Vital,M.; Sommerfeld,V.; Rodehutscord,M.; Camarinha-Silva,A.; ( Jahr: 2016). Title: Insights into broilers' gut microbiota fed with phosphorus, calcium, and phytase supplemented diets. Zeitschrift: Front.Microbiol. Band: 7 Issue: DEC, S-Seite: Article number 2033 DOI: Article WEBURLS
  • Autoren: Lima-Morales,D.; Jauregui,R.; Camarinha-Silva,A.; Geffers,R.; Pieper,D.H.; Vilchez-Vargas,R.; ( Jahr: 2016). Title: Linking microbial community and catabolic gene structures during the adaptation of three contaminated soils under continuous long term pollutant stress. Zeitschrift: Appl.Environ.Microbiol. Band: 82 Issue: 7, S-Seite: 2227- E-Seite: 2237 DOI: 10.1128/AEM.03482-15 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Milici,M.; Tomasch,J.; Wos-Oxley,M.L.; Wang,H.; Jauregui,R.; Camarinha-Silva,A.; Deng,Z.L.; Plumeier,I.; Giebel,H.A.; Wurst,M.; Pieper,D.H.; Simon,M.; Wagner-Döbler,I.; ( Jahr: 2016). Title: Low diversity of planktonic bacteria in the tropical ocean. Zeitschrift: Sci.Rep. Band: 6, S-Seite: 1- E-Seite: 9 DOI: 10.1038/srep19054 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Grunert,O.; Hernandez-Sanabria,E.; Vilchez-Vargas,R.; Jauregui,R.; Pieper,D.H.; Perneel,M.; Van Labeke,M.C.; Reheul,D.; Boon,N.; ( Jahr: 2016). Title: Mineral and organic growing media have distinct community structure, stability and functionality in soilless culture systems. Zeitschrift: Sci.Rep. Band: 6, S-Seite: Article number 18837 DOI: 10.1038/srep18837 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: De,Weirdt R.; Hernandez-Sanabria,E.; Fievez,V.; Mees,E.; Geirnaert,A.; Van,Herreweghen F.; Vilchez-Vargas,R.; Van den,Abbeele P.; Jauregui,R.; Pieper,D.H.; Vlaeminck,B.; Van de,Wiele T.; ( Jahr: 2016). Title: Mucosa-associated biohydrogenating microbes protect the simulated colon microbiome from stress associated with high concentrations of poly-unsaturated fat. Zeitschrift: Environmental Microbiology PubMed
  • Autoren: De,Weirdt R.; Hernandez-Sanabria,E.; Fievez,V.; Mees,E.; Geirnaert,A.; Van,Herreweghen F.; Vilchez-Vargas,R.; Van den,Abbeele P.; Jauregui,R.; Pieper,D.H.; Vlaeminck,B.; Van de,Wiele T.; ( Jahr: 2016). Title: Mucosa-associated biohydrogenating microbes protect the simulated colon microbiome from stress associated with high concentrations of poly-unsaturated fat. Zeitschrift: Environmental Microbiology Band: 19 Issue: 2, S-Seite: 722- E-Seite: 739 PubMed
  • Autoren: Maes,S.; Props,R.; Fitts,J.P.; Smet,R.D.; Vilchez-Vargas,R.; Vital,M.; Pieper,D.H.; Vanhaecke,F.; Boon,N.; Hennebel,T.; ( Jahr: 2016). Title: Platinum Recovery from Synthetic Extreme Environments by Halophilic Bacteria. Zeitschrift: Environ.Sci Technol. Band: 50 Issue: 5, S-Seite: 2619- E-Seite: 2626 PubMed
  • Autoren: De Vrieze,J.; Regueiro,L.; Props,R.; Vilchez-Vargas,R.; Jauregui,R.; Pieper,D.H.; Lema,J.M.; Carballa,M.; ( Jahr: 2016). Title: Presence does not imply activity: DNA and RNA patterns differ in response to salt perturbation in anaerobic digestion. Zeitschrift: Biotechnol.Biofuels. Band: 9, S-Seite: 244 DOI: 10.1186/s13068-016-0652-5 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Arce-Rodriguez,A.; Puente-Sanchez,F.; Avendano,R.; Libby,E.; Rojas,L.; Cambronero,J.C.; Pieper,D.H.; Timmis,K.N.; Chavarria,M.; ( Jahr: 2016). Title: Pristine but metal-rich Rio Sucio (Dirty River) is dominated by Gallionella and other iron-sulfur oxidizing microbes. Zeitschrift: Extremophiles Band: 21, S-Seite: 235- E-Seite: 243 PubMed
  • Autoren: Coma,M.; Vilchez-Vargas,R.; Roume,H.; Jauregui,R.; Pieper,D.H.; Rabaey,K.; ( Jahr: 2016). Title: Product Diversity Linked to Substrate Usage in Chain Elongation by Mixed-Culture Fermentation. Zeitschrift: Environ.Sci.Technol. Band: 50 Issue: 12, S-Seite: 6467- E-Seite: 6476 DOI: Article WEBURLS
  • Autoren: Schulz,C.; Schutte,K.; Kropf,S.; Schmitt,F.C.; Vasapolli,R.; Kliegis,L.M.; Riegger,A.; Malfertheiner,P.; ( Jahr: 2016). Title: RiMINI - the influence of rifaximin on minimal hepatic encephalopathy (MHE) and on the intestinal microbiome in patients with liver cirrhosis: Study protocol for a randomized controlled trial. Zeitschrift: Trials Band: 17 Issue: 1, S-Seite: 111 DOI: 10.1186/s13063-016-1205-8 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Medina,E.; Pieper,D.H.; ( Jahr: 2016). Title: Tackling Threats and Future Problems of Multidrug-Resistant Bacteria. Zeitschrift: Curr Top.Microbiol.Immunol. Band: 398, S-Seite: 3- E-Seite: 34 PubMed
  • Autoren: Schulz,C.; Schutte,K.; Koch,N.; Vilchez-Vargas,R.; Wos-Oxley,M.L.; Oxley,A.P.; Vital,M.; Malfertheiner,P.; Pieper,D.H.; ( Jahr: 2016). Title: The active bacterial assemblages of the upper GI tract in individuals with and without Helicobacter infection. Zeitschrift: GUT PubMed
  • Autoren: Kaspar,U.; Kriegeskorte,A.; Schubert,T.; Peters,G.; Rudack,C.; Pieper,D.H.; Wos-Oxley,M.; Becker,K.; ( Jahr: 2016). Title: The culturome of the human nose habitats reveals individual bacterial fingerprint patterns. Zeitschrift: Environmental Microbiology Band: 18 Issue: 7, S-Seite: 2130- E-Seite: 2142 DOI: 10.1111/1462-2920.12891 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: De,Vrieze J.; Raport,L.; Roume,H.; Vilchez-Vargas,R.; Jauregui,R.; Pieper,D.H.; Boon,N.; ( Jahr: 2016). Title: The full-scale anaerobic digestion microbiome is represented by specific marker populations. Zeitschrift: Water Res. Band: 104, S-Seite: 101- E-Seite: 110 PubMed
  • Autoren: De Vrieze,J.; Raport,L.; Roume,H.; Vilchez-Vargas,R.; Jáuregui,R.; Pieper,D.H.; Boon,N.; ( Jahr: 2016). Title: The full-scale anaerobic digestion microbiome is represented by specific marker populations. Zeitschrift: Water Res. Band: 104, S-Seite: 101- E-Seite: 110 DOI: Article WEBURLS
  • Autoren: Lassek,C.; Burghartz,M.; Chaves-Moreno,D.; Otto,A.; Hentschker,C.; Fuchs,S.; Bernhardt,J.; Jauregui,R.; Neubauer,R.; Becher,D.; Pieper,D.H.; Jahn,M.; Jahn,D.; Riedel,K.; ( Jahr: 2015). Title: A metaproteomics approach to elucidate host and pathogen protein expression during catheter-associated urinary tract infections (CAUTIs). Zeitschrift: Mol.Cell.Proteomics Band: 14 Issue: 4, S-Seite: 989- E-Seite: 1008 DOI: 10.1074/mcp.M114.043463 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Vital,M.; Harkema,J.R.; Rizzo,M.; Tiedje,J.; Brandenberger,C.; ( Jahr: 2015). Title: Alterations of the Murine Gut Microbiome with Age and Allergic Airway Disease. Zeitschrift: J Immunol.Res Band: 2015, S-Seite: 892568 DOI: 10.1155/2015/892568 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Kümmel,S.; Herbst,F.A.; Bahr,A.; Duarte,M.; Pieper,D.H.; Jehmlich,N.; Seifert,J.; von Bergen,M.; Bombach,P.; Richnow,H.H.; Vogt,C.; ( Jahr: 2015). Title: Anaerobic naphthalene degradation by sulfatereducing Desulfobacteraceae from various anoxic aquifers. Zeitschrift: Fems Microbiology Ecology Band: 91 Issue: 3 DOI: 10.1093/femsec/fiv006 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Chaves-Moreno,D.; Wos-Oxley,M.L.; Jauregui,R.; Medina,E.; Oxley,A.P.; Pieper,D.H.; ( Jahr: 2015). Title: Application of a Novel "Pan-Genome"-Based Strategy for Assigning RNAseq Transcript Reads to Staphylococcus aureus Strains. Zeitschrift: PLoS ONE Band: 10 Issue: 12, S-Seite: e0145861 DOI: 10.1371/journal.pone.0145861 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Lopez-Fernandez,M.; Cherkouk,A.; Vilchez-Vargas,R.; Jauregui,R.; Pieper,D.; Boon,N.; Sanchez-Castro,I.; Merroun,M.L.; ( Jahr: 2015). Title: Bacterial Diversity in Bentonites, Engineered Barrier for Deep Geological Disposal of Radioactive Wastes. Zeitschrift: Microb.Ecol. Band: 70 Issue: 4, S-Seite: 922- E-Seite: 935 DOI: 10.1007/s00248-015-0630-7 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Fiebig,A.; Loof,T.G.; Babbar,A.; Itzek,A.; Koehorst,J.J.; Schaap,P.J.; Nitsche-Schmitz,D.P.; ( Jahr: 2015). Title: Comparative Genomics of Streptococcus pyogenes M1 isolates differing in virulence and propensity to cause systemic infection in mice. Zeitschrift: International Journal of Medical Microbiology Band: 305 Issue: 6, S-Seite: 532- E-Seite: 543 WEBURLS
  • Autoren: Ben,Hania W.; Joseph,M.; Schumann,P.; Bunk,B.; Fiebig,A.; Sproer,C.; Klenk,H.P.; Fardeau,M.L.; Spring,S.; ( Jahr: 2015). Title: Complete genome sequence and description of Salinispira pacifica gen. nov., sp. nov., a novel spirochaete isolated form a hypersaline microbial mat. Zeitschrift: Stand.Genomic Sci Band: 10, S-Seite: 7 DOI: 10.1186/1944-3277-10-7 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: de Lima-Morales,D.; Chaves-Moreno,D.; Wos-Oxley,M.L.; Jauregui,R.; Vilchez-Vargas,R.; Pieper,D.H.; ( Jahr: 2015). Title: Degradation of benzene by Pseudomonas veronii 1YdBTEX2 and 1YB2 is catalyzed by enzymes encoded in distinct catabolic gene clusters. Zeitschrift: Appl.Environ.Microbiol. Band: 82, S-Seite: 167- E-Seite: 173 DOI: 10.1128/AEM.03026-15 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Ehsani,E.; Jauregui,R.; Geffers,R.; Jareck,M.; Boon,N.; Pieper,D.H.; Vilchez-Vargas,R.; ( Jahr: 2015). Title: Draft Genome Sequence of Rhodococcus sp. Strain 311R. Zeitschrift: Genome Announc. Band: 3 Issue: 3 DOI: 10.1128/genomeA.00378-15. HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Burbach,K.; Seifert,J.; Pieper,D.H.; Camarinha-Silva,A.; ( Jahr: 2015). Title: Evaluation of DNA extraction kits and phylogenetic diversity of the porcine gastrointestinal tract based on Illumina sequencing of two hypervariable regions. Zeitschrift: Microbiologyopen. Band: 5, S-Seite: 70- E-Seite: 82 DOI: 10.1002/mbo3.312 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Ehsani,E.; Jauregui,R.; Geffers,R.; Jarek,M.; Boon,N.; Pieper,D.H.; Vilchez-Vargas,R.; ( Jahr: 2015). Title: First Draft Genome Sequence of the Acidovorax caeni sp. nov. Type Strain R-24608 (DSM 19327). Zeitschrift: Genome Announc. Band: 3 Issue: 6 PubMed
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  • Autoren: Szafranski,S.P.; Wos-Oxley,M.L.; Vilchez-Vargas,R.; Jauregui,R.; Plumeier,I.; Klawonn,F.; Tomasch,J.; Meisinger,C.; Kühnisch,J.; Sztajer,H.; Pieper,D.H.; Wagner-Döbler,I.; ( Jahr: 2015). Title: High-resolution taxonomic profiling of the subgingival microbiome for biomarker discovery and periodontitis diagnosis. Zeitschrift: Appl.Environ.Microbiol. Band: 81 Issue: 3, S-Seite: 1047- E-Seite: 1058 DOI: 10.1128/AEM.03534-14 HZI-Repositorium PubMed
  • Autoren: Lunsmann,V.; Kappelmeyer,U.; Benndorf,R.; Martinez-Lavanchy,P.M.; Taubert,A.; Adrian,L.; Duarte,M.; Pieper,D.H.; von,Bergen M.; Muller,J.A.; Heipieper,H.J.; Jehmlich,N.; ( Jahr: 2015). Title: In-situ Protein-SIP highlights Burkholderiaceae as key players degrading toluene by para ring hydroxylation in a constructed wetland model. Zeitschrift: Environmental Microbiology Band: 18 Issue: 4, S-Seite: 1176- E-Seite: 1186 DOI: 10.1111/1462-2920.13133 PubMed
  • Autoren: Martínez-Lavanchy,P.M.; Chen,Z.; Lünsmann,V.; Marin-Cevada,V.; Vilchez-Vargas,R.; Pieper,D.H.; Reiche,N.; Kappelmeyer,U.; Imparato,V.; Junca,H.; Nijenhuis,I.; Müller,J.A.; Kuschk,P.; Heipieper,H.J.; ( Jahr: 2015). Title: Microbial toluene removal in hypoxic model constructed wetlands occurs predominantly via the ring monooxygenation pathway. Zeitschrift: Appl.Environ.Microbiol. Band: 81 Issue: 18, S-Seite: 6241- E-Seite: 6252 WEBURLS
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  • Autoren: Alcaide,M.; Tornes,J.; Stogios,P.J.; Xu,X.; Gertler,C.; Di,Leo R.; Bargiela,R.; Lafraya,A.; Guazzaroni,M.E.; Lopez-Cortes,N.; Chernikova,T.N.; Golyshina,O.V.; Nechitaylo,T.Y.; Plumeier,Iris; Pieper,Dietmar H.; Yakimov,M.M.; Savchenko,A.; Golyshin,P.N.; Ferrer,M.; ( Jahr: 2013). Title: Single residues dictate the co-evolution of dual esterases: MCP hydrolases from the alpha/beta hydrolase family. Zeitschrift: Biochemical Journal Band: 454 Issue: 1, S-Seite: 157- E-Seite: 166 PubMed
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  • Autoren: Ferrer,M.; Ghazi,A.; Beloqui,A.; Vieites,J.M.; López-Cortés,N.; Marin-Navarro,J.; Nechitaylo,T.Y.; Guazzaroni,M.-E.; Polaina,J.; Waliczek,A.*; Chernikova,T.N.; Reva,O.N.; Golyshina,O.V.; Golyshin,P.N.; ( Jahr: 2012). Title: Functional metagenomics unveils a multifunctional glycosyl hydrolase from the family 43 catalysing the breakdown of plant polymers in the calf rumen. Zeitschrift: PLoS ONE Band: 7 Issue: 6, S-Seite: e38134 DOI: 10.1371/journal.pone.0038134 HZI-Repositorium PubMed
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  • Autoren: Del Pozo,M.V.; Fernandez-Arrojo,L.; Gil-Martinez,J.; Montesinos,A.; Chernikova,T.N.; Nechitaylo,T.Y.; Waliszek,A.*; Tortajada,M.; Rojas,A.; Huws,S.A.; Golyshina,O.V.; Newbold,C.J.; Polaina,J.; Ferrer,M.; Golyshin,P.N.; ( Jahr: 2012). Title: Microbial beta-glucosidases from cow rumen metagenome enhance the saccharification of lignocellulose in combination with commercial cellulase cocktail. Zeitschrift: Biotechnology for Biofuels Band: 5 Issue: 1, S-Seite: 73 DOI: 10.1186/1754-6834-5-73 HZI-Repositorium PubMed
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  • Autoren: Oosterkamp,M.J.; Veuskens,T.; Plugge,C.M.; Langenhoff,A.A.; Gerritse,J.; van Berkel,W.J.; Pieper,Dietmar H.*; Junca,H.; Goodwin,L.A.; Daligault,H.E.; Bruce,D.C.; Detter,J.C.; Tapia,R.; Han,C.S.; Land,M.L.; Hauser,L.J.; Smidt,H.; Stams,A.J.; ( Jahr: 2011). Title: Genome sequences of Alicycliphilus denitrificans strains BC and K601T. Zeitschrift: Journal of Bacteriology Band: 193 Issue: 18, S-Seite: 5028- E-Seite: 5029 DOI: 10.1128/JB.00365-11 HZI-Repositorium PubMed
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