Gérard Krause studierte Medizin an der Universität Mainz und schloss 1993 sein drittes Staatsexamen in Humanmedizin ab. Gleichzeitig erlangte er an der Universität Heidelberg den Grad des Doktors der Medizin in Tropenhygiene. Von 1993 bis 1998 arbeitete er als Arzt und wissenschaftlicher Mitarbeiter in den Bereichen Tropenmedizin, Innere Medizin und Krankenhaushygiene am Universitätsklinikum Heidelberg, dem Paracelsus-Krankenhaus in Osnabrück und dem Universitätsklinikum Freiburg. Anschließend war er zwei Jahre als “epidemic intelligence service officer” an den Centers for Disease Control and Prevention in Atlanta, USA, beschäftigt. Darüber hinaus absolvierte er verschiedene Forschungs- und Ausbildungsaufenthalte in England und verschiedenen Westafrikanischen und Südamerikanischen Ländern.

Im Jahr 2000 wechselte er an das Robert Koch Institut in Berlin (RKI) und leitete dort das Fachgebiet Surveillance. In den Folgejahren erhielt er die Facharztqualifikation für Hygiene und Umweltmedizin mit Zusatzbezeichnungen in Tropen- und Rettungsmedizin. Von 2005 bis 2013 war er Leiter der Abteilung für Infektionsepidemiologie am RKI. Gérard Krause habilitierte sich im Jahr 2005 im Fach Epidemiologie und Hygiene an der Charité Universitätsmedizin in Berlin wo er 2008 den Masterstudiengang für angewandte Epidemiologie gründete.

Im Jahr 2011 nahm Gérard Krause den Ruf als W3-Professor für Infektionsepidemiologie an die Medizinische Hochschule Hannover (MHH) an und übernahm die Leitung der Abteilung „Epidemiologie“ am HZI. 2013 gründete er den PhD-Studiengang "Epidemiologie".

Seit 2016 ist Krause ebenfalls Koordinator der „Translational Infrastructure Epidemiology“ im Deutschen Zentrum für Infektionsforschung und seit 2017 zusätzlich Direktor des neu gegründeten Instituts für Infektionsepidemiologie am TWINCORE in Hannover.