Bioinformatik der Infektionsforschung

Die Gruppe konzentriert sich in ihrer Forschung auf die Daten-getriebene Analyse von biologischen Fragestellungen aus der Infektionsforschung sowie auf die Entwicklung von neuen Methoden für die Analyse von großen biologischen Datensätzen.

Fachseminar: Algorithmen für die phylogenetische Rekonstruktion und deren Anwendung

Das Fachseminar ""Algorithmen für die phylogenetische Rekonstruktion und deren Anwendung" ist eine Veranstaltung der Abteilung "Bioinformatik der Infektionsforschung " am HZI unter der Leitung von Prof. Alice McHardy.

Kick-off Meeting: 11. Oktober 2016, 16 Uhr
Raum Kick-off Meeting: BRICS 046
Datum: Beginn der Semesterferien (Zwei Nachmittage)
Raum Fachseminar: tba
Max. Anzahl an Teilnehmer: 10
Sprache: Englisch
Modus: 30 Minuten Vortrag + 10 Minuten Diskussion + 3-5 Seiten schriftliche Ausarbeitung
Für Bachelor & Master-Studenten/-innen der Informatik

Bei Fragen zum Seminar kontaktieren Sie bitte Thorsten Klingen.

Beschreibung: Dieses Seminar lehrt grundlegende Verfahren für die Inferenz von phylogenetischen Bäumen und deren Anwendung. Phylogenetische Bäume stellen Verwandtschaftsbeziehungen zwischen Organismen, Spezien oder Viren dar und ermöglichen eine Rekonstruktion von hypothetischen Vorläufersequenzen, auf deren Grundlage man die Veränderungen zwischen Organismen inferrieren kann. Ferner werden statistische Methoden zum Testen von phylogenetischen Bäumen und evolutionären Modellen vorgestellt. Neben Baumphylogenien, welche auf der Basis von Substitutionen von Sequenzen und den daraus resultierenden Veränderungen inferiert werden, werden wir uns mit der Inferenz von phylogenetischen Netzwerken befassen, welche genetische Veränderungen durch Rekombination oder Reassortments, darstellen.

 

Inhalte und Themen

1)    Searching the tree space
2)    Parsimonious Inference
3)    Distance matrix methods
4)    Maximum Likelihood Inference
5)    Bayesian Inference
6)    Models for DNA evolution
7)    Models for protein evolution
8)    Measures of Selection
9)    Network Inference
10)   Statistics on Trees

Literatur: Felsenstein, J. 2004. Inferring Phylogenies. Sinauer Associates, Sunderland, Mass

Leitung

  • Prof. Dr. Alice McHardy

    Alice Mc Hardy

    Leiterin der Abteilung Bioinformatik der Infektionsforschung

    0531 391-55271

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Kontakt

  • Thorsten Klingen

    Thorsten Klingen

    Doktorand

    0531 391-55275

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