Bioinformatik der Infektionsforschung

Die Arbeitsgruppe “Bioinformatik der Infektionsforschung” erforscht mit computergestützten Techniken das menschliche Mikrobiom, virale und bakterielle Pathogene sowie menschliche Zelllinien anhand von großen biologischen und epidemiologischen Datensätzen. Durch die Analyse von Metaom-, Populationsgenom- und Einzelzellgenomdaten erzeugen wir experimentell überprüfbare Hypothesen,  wie z.b. welche Veränderungen an Proteinen oder welche Gene assoziiert sind mit dem Auftreten einer Krankheit, von Antibiotikaresistenzen oder dem Ausweichen des Immunschutzes durch Pathogene. Wir arbeiten mit experimentellen Kollaborationspartnern zusammen, um unsere Erkenntnisse zu verifizieren und deren Translation in die medizinische Diagnostik und Behandlung zu fördern. Um die Forschungsziele zu erreichen, entwickelt die Arbeitsgruppe auch neue Algorithmen und Bioinformatik-Software.

Leitung

Webanwendungen

Traitar  ist ein Web- Service für die Phänotypisierung von Bakterien basierend auf ihren genomischen Sequenzen. 

PhyloPythiaS+ - eine selbst-trainierende Methode für die rapide Rekonstruktion von Gruppen mit niedriger taxonomischer Stufe aus Metagenomen.

PhyloPythiaS  – der PhyloPythiaS Web- Server für die taxonomische Einordnung von metagenomischen Sequenzen.

Taxator-tk  führt eine taxonomische Einordnung durch mittels schneller, approximativer Bestimmung von evolutionären Nachbarn basierend auf Sequenzähnlichkeiten.

AdaPatch  ist eine Methode zur Detektion von positiv selektierten Regionen auf der Oberfläche von viralen Proteinen, die relevant für die adaptive Evolution sein können.

Software Downloads

In der Gruppe entwickelte und implementierte Software kann hier herunter geladen werden.

News

Video

  • Kann man die nächste Grippe-Epidemie vorhersagen?

    Es antwortet Dr. Andreas Bremges, stellv. Abteilungsleiter Bioinformatik der Infektionsforschung am HZI in Braunschweig.

DruckenPer Mail versendenTeilen