Bioinformatik der Infektionsforschung

Die Arbeitsgruppe “Bioinformatik der Infektionsforschung” erforscht mit computergestützten Techniken das menschliche Mikrobiom, virale und bakterielle Pathogene sowie menschliche Zelllinien anhand von großen biologischen und epidemiologischen Datensätzen. Durch die Analyse von Metaom-, Populationsgenom- und Einzelzellgenomdaten erzeugen wir experimentell überprüfbare Hypothesen,  wie z.b. welche Veränderungen an Proteinen oder welche Gene assoziiert sind mit dem Auftreten einer Krankheit, von Antibiotikaresistenzen oder dem Ausweichen des Immunschutzes durch Pathogene. Wir arbeiten mit experimentellen Kollaborationspartnern zusammen, um unsere Erkenntnisse zu verifizieren und deren Translation in die medizinische Diagnostik und Behandlung zu fördern. Um die Forschungsziele zu erreichen, entwickelt die Arbeitsgruppe auch neue Algorithmen und Bioinformatik-Software.

Leitung

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2008

  • M.G. Kalyuzhnaya, A. Lapidus, N. Ivanova, A.C. Copeland, A.C. McHardy, E. Szeto, A. Salamov, I.V. Grigoriev, D. Suciu, S.R. Levine, V.M. Markowitz, I. Rigoutsos, S.G. Tringe, D.C. Bruce, P.M. Richardson, M.E. Lidstrom, L. Chistoserdova
    High-resolution metagenomics targets specific functional types in complex microbial communities

    Nature Biotechnology 2008, 26(9):  1029-1034
  • A.C. McHardy
    Finding genes in genome sequence

    Methods in Molecular Biology 2008, 452(2): 163-177
  • L.Z. Holland, R. Albalat, K. Azumi, E. Benito-Gutiérrez, M.J. Blow, M. Bronner-Fraser, F. Brunet, T. Butts, S. Candiani, L.J. Dishaw, D.E. Ferrier, J. Garcia-Fernàndez, J.J. Gibson-Brown, C. Gissi, A. Godzik, F. Hallböök, D. Hirose, K. Hosomichi, T. Ikuta, H. Inoko, M. Kasahara, J. Kasamatsu, T. Kawashima, A. Kimura, M. Kobayashi, Z. Kozmik, K. Kubokawa, V. Laudet, G.W. Litman, A.C. McHardy, D. Meulemans, M. Nonaka, R.P. Olinski, Z. Pancer, L.A. Pennacchio, M. Pestarino, J.P. Rast, I. Rigoutsos, M. Robinson-Rechavi, G. Roch, H. Saiga, Y. Sasakura, M. Satake, Y. Satou, M. Schubert, N. Sherwood, T. Shiina, N. Takatori, J. Tello, P. Vopalensky, S. Wada, A. Xu, Y. Ye, K. Yoshida, F. Yoshizaki, J.K. Yu, Q. Zhang, C.M. Zmasek, P.J. de Jong, K. Osoegawa, N.H. Putnam, D.S. Rokhsar, N. Satoh, P.W. Holland
    The amphioxus genome illuminates vertebrate origins and cephalochordate biology

    Genome Research 2008, 18(7): 1100-1111
  • K.H. Gartemann, B. Abt, T. Bekel, A. Burger, J. Engemann, M. Flügel, L. Gaigalat, A. Goesmann, I. Gräfen, J. Kalinowski, O. Kaup, O. Kirchner, L. Krause, B. Linke, A.C. McHardy, F. Meyer, S. Pohle, C. Rückert, S. Schneiker, E.M. Zellermann, A. Pühler, R. Eichenlaub, O. Kaiser, D. Bartels
    The genome sequence of the tomato-pathogenic actinomycete Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis NCPPB382 reveals a large island involved in pathogenicity

    Journal of Bacteriology 2008, 190(6): 2138-2149
  • B. Adams, A.C. McHardy, C. Lundegaard, T. Lengauer
    Viral Bioinformatics
    in Modern Genome Annotation, D. Frishman, A. Valencia (Editors) Springer Verlag, 2009, 429-452

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  • Kann man die nächste Grippe-Epidemie vorhersagen?

    Es antwortet Dr. Andreas Bremges, stellv. Abteilungsleiter Bioinformatik der Infektionsforschung am HZI in Braunschweig.

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