Mechanismen des RNA-Recodings bei Infektionen

Verschiedene Virustypen wie Ebola, Influenza und HIV besitzen ein extrem kleines Genom, bei welchem RNA als genetisches Material verwendet wird. Damit ihre Gene von der Translationsmaschinerie des Wirtes in eine Vielzahl von Genprodukten umgeschrieben werden, haben sich verschiedene Strategien zu alternativer Translation entwickelt. Hierzu gehören unter anderem das Überlesen von Stopcodons oder die Verwendung alternativer ribosomaler Eintrittstellen (non-IRES initiation) und ribosomaler Rasterverschiebungen (Frameshifting). Interessanterweise werden diese Mechanismen auch bei der Expression der zellulären Gene des Wirtes verwendet. Durch unsere Forschung möchten wir die Prozesse verstehen, die es ermöglichen, auf einem RNA-Strang mehrere Proteine simultan zu codieren und wie dadurch Genexpression zeitlich und räumlich reguliert werden kann.

Leitung

Ausgewählte Publikationen

Bock L.*, Caliskan N.*, Korniy N., Peske F., Rodnina MV. and Grubmueller H. (2019). Thermodynamic control of –1 programmed ribosomal frameshifting, Nature Communications, in press. (*co-first authors)

Matsumoto S., Caliskan N., Rodnina M. V., Murata A., and Nakatani K. (2018). Small synthetic molecule as an activator for −1 ribosomal frameshifting, Nucleic Acid Research, 46(16): 8079-8089

Caliskan N, Wohlgemuth I, Korniy N, Pearson M, Peske F, Rodnina MV Conditional Switch between Frameshifting Regimes upon Translation of dnaX mRNA Mol Cell 2017, 66(4): 558-567

Belardinelli R., Sharma H., Caliskan N., Peske F., Wintermeyer W. and Rodnina M. V. (2016). Choreography of molecular movements during ribosome progression along the mRNA. Nature Structural and Molecular Biology, 23(4):342-8

Caliskan N, Peske F, Rodnina MV Changed in translation: mRNA recoding by -1 programmed ribosomal frameshifting Trends Biochem Sci 2015, 40(5): 265-274

Caliskan N, Katunin VI, Belardinelli R, Peske F, Rodnina MV Programmed -1 frameshifting by kinetic partitioning during impeded translocation Cell 2014, 157(7): 1619-1631

DruckenPer Mail versendenTeilen