Einzelzellanalyse

Pathogene Bakterien können in ihrem Wirt zeitlebens verharren und trotz durchgehender Kontrolle durch das Immunsystem zu wiederkehrenden Infektionen führen. Die Mechanismen, wie sich ein Teil der Krankheitserreger der Kontrolle des Immunsystems entziehen und im Wirt ausbreiten kann, sind weitestgehend unverstanden. Unsere Arbeitsgruppe entwickelt hierfür Verfahren zur Transkriptom-Analyse von Einzelzellen, um den Mikrolebensraum einzelner Krankheitserreger besser verstehen und die funktionellen Auswirkungen auf den Verlauf von Infektionen analysieren zu können.

Leitung

Ausgewählte Publikationen

Cochain C*, Vafadarnejad E*, Arampatzi P, Pelisek J, Winkels H, Ley K, Wolf D, Saliba AE*, Zernecke A*
Single-cell RNA-seq reveals the transcriptional landscape and heterogeneity of aortic macrophages in murine atherosclerosis
Circulation Res 2018, DOI: 10.1161/CIRCRESAHA.117.312509

Saliba AE, C Santos S, Vogel J
New RNA-seq approaches for the study of bacterial pathogens
Curr Opin Microbiol 2017, 35:78-87

Saliba AE, Li L, Westermann AJ, Appenzeller S, Stapels DA, Schulte LN, Helaine S, Vogel J
Single-cell RNA-seq ties macrophage polarization to growth rate of intracellular Salmonella
Nature Microbiol 2016, 2:16206

Saliba AE, Vonkova I, Deghou S, Ceschia S, Tischer C, Kugler KG, Bork P, Ellenberg J, Gavin AC
A protocol for the systematic and quantitative measurement of protein-lipid interactions using the liposome-microarray-based assay
Nature Protoc 2016, 11(6): 1021-1038

Vonkova I*, Saliba AE*, Deghou S, Anand K, Ceschia S, Doerks T, Galih A, Kugler KG, Maeda K, Rybin V, van Noort V, Ellenberg J, Bork P, Gavin AC
Lipid Cooperativity as a General Membrane-Recruitment Principle for PH Domains
Cell Rep 2015, 12(9): 1519-1530

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