Bioinformatik der Infektionsforschung
Die Abteilung “Bioinformatik der Infektionsforschung” erforscht mit computergestützten Techniken das menschliche Mikrobiom, virale und bakterielle Pathogene sowie menschliche Zelllinien anhand von großen biologischen und epidemiologischen Datensätzen. Durch die Analyse von Metaom-, Populationsgenom- und Einzelzellgenomdaten erzeugen wir experimentell überprüfbare Hypothesen, wie z.b. welche Veränderungen an Proteinen oder welche Gene assoziiert sind mit dem Auftreten einer Krankheit, von Antibiotikaresistenzen oder dem Ausweichen des Immunschutzes durch Pathogene. Wir arbeiten mit experimentellen Kollaborationspartnern zusammen, um unsere Erkenntnisse zu verifizieren und deren Translation in die medizinische Diagnostik und Behandlung zu fördern. Um die Forschungsziele zu erreichen, entwickelt die Abteilung auch neue Algorithmen und Bioinformatik-Software.
Leitung
Vorlesung: Introduction to bioinformatics data types and analysis techniques
Die Vorlesung " Introduction to bioinformatics data types and analysis techniques" wird von der Abteilung "Computational Biology of Infection Research" am HZI unter der Leitung von Prof. Alice McHardy veranstaltet.
Termin: Dienstags um 11.00 Uhr s.t.
Ort: Fernvorlesung via Zoom
Auftakt: 19. April 2022, 11 Uhr
Sprache: Englisch
Modus: 14x90min Vorlesungen, Ringvorlesung mit wechselnden Lehrenden der Abteilung
Prüfung: 2 Blockübungen am Ende des Semesters (genauer Termin wird noch bekannt gegeben) und Klausur
Credits: 4 SWS = 5 ECTS
Bei Fragen zum Seminar können Sie sich gerne an Adrian Fritz wenden.
Beschreibung:
Die Bioinformatik ist ein unverzichtbarer Bestandteil der modernen Biologie geworden. Ob bei der Entschlüsselung des menschlichen Genoms oder der Impfstoffentwicklung gegen SARS-CoV-2: Bioinformatische Methoden spielen eine entscheidende Rolle.
Die Vorlesung "Einführung in bioinformatische Datentypen und Analysetechniken" gibt eine praktische Einführung in verschiedene Algorithmen und Anwendungsbereiche der Bioinformatik und speziell für Daten, die bei der Genomsequenzierung entstehen. Darüber hinaus gibt es zwei Übungen, in denen Bioinformatik-Methoden praktisch angewendet werden, sowie eine Einführung in die für Datenwissenschaftler unverzichtbare Programmiersprache R.
Die Vorlesung ist eine Vorlesung für Teilnehmende an der BIOMEDAS graduate school, sowie für Masterstudierende der Informatik mit Interesse an biologischen Fragestellungen und setzt keine besonderen biologischen oder informatischen Vorkenntnisse voraus.
Die Vorlesungen im Einzelnen:
- Kick-off session (19.04., Adrian Fritz)
- Databases in bioinformatics (26.04., Fernando Meyer)
- Fundamental statistical approaches in bioinformatics (03.05, Klaus Jung)
- Dimension reduction and clustering approaches (10.05., Klaus Jung)
- Introduction into high-throughput data generation: optical vs. counts data (17.05., Sama Goliaei)
- Quality control of bioinformatics data (24.05., Adrian Fritz)
- Next generation sequencing: molecular introduction (31.05., Fernando Meyer)
- Machine learning in bioinformatics (e.g. for biomarker detection) (07.06, Ehsaneddin Asgari)
- Next generation sequencing: analysis of transcriptomics data (14.06., Zhi-Luo Deng)
- Next generation sequencing: analysis of genomics data (21.06., Aideen Roddy)
- Next generation sequencing: analysis of metagenomics / metatranscriptomics data (28.06., Adrian Fritz)
- Next generation sequencing: analysis of single-cell data (05.07., Hadi Foroughmand)
- Next generation sequencing: epigenomics (12.07., Aideen Roddy)
- Various topics for next generation sequencing (19.07., Hadi Foroughmand)
