Bioinformatik der Infektionsforschung

Die Arbeitsgruppe “Bioinformatik der Infektionsforschung” erforscht mit computergestützten Techniken das menschliche Mikrobiom, virale und bakterielle Pathogene sowie menschliche Zelllinien anhand von großen biologischen und epidemiologischen Datensätzen. Durch die Analyse von Metaom-, Populationsgenom- und Einzelzellgenomdaten erzeugen wir experimentell überprüfbare Hypothesen,  wie z.b. welche Veränderungen an Proteinen oder welche Gene assoziiert sind mit dem Auftreten einer Krankheit, von Antibiotikaresistenzen oder dem Ausweichen des Immunschutzes durch Pathogene. Wir arbeiten mit experimentellen Kollaborationspartnern zusammen, um unsere Erkenntnisse zu verifizieren und deren Translation in die medizinische Diagnostik und Behandlung zu fördern. Um die Forschungsziele zu erreichen, entwickelt die Arbeitsgruppe auch neue Algorithmen und Bioinformatik-Software.

Leitung

Laufende Projekte

2020     Corona VAC “Proof of concept study of a SARS-COV-2 vaccine based on recombinant spike protein“ - Niedersächsischen Ministerium für Wissenschaft und Kultur (MWK)

2019     “Paving the way towards individualized vaccination (i.Vacc) - Exploring multi-omics Big Data in the general population based on a digital mHealth cohort” – Volkswagen Stiftung

2019     “Drug discovery and cheminformatics for new anti-infectives (iCA)” – Lower Saxony Doctoral Program

2019     “Rational design of a universal flu vaccine using recombinant neuraminidase” – Global Grand Challenges of the Bill & Melinda Gates Foundation

2019    “GenomeNet: A deep neural network for genomic modelling, semi-supervised classification and imputation” – Computational Life Sciences Call, Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)

2019    “RESIST - Resolving Infection Susceptibility“ – Exzellenzcluster 2155, Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG)

2018    “Learning structures in the CRISPR-Cas system using deep learning architectures” – SPP2141 Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG)

2017    “Sparse2Big: Data fusion and imputation from massive sparse data consortium” - Information and Data Science Initiative, Helmholtz Society

2017    “HiGHmed (Heidelberg-Göttingen-Hannover Medizininformatik)“ - Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)

2017    “Communities Allied in Infection coalition" - Volkswagen Foundation

2016    “A Method for Tracking CRISPR/Plasmidome Dynamics in Complex Bacterial Communities“ – Research Grant, Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG)

2014    “TI Bioinformatics Platform“ - Deutsches Zentrum für Infektionsforschung (DZIF), BMBF


Abgeschlossene Projekte

2017    “Bioinformatics support for the development of a prophylactic HCV vaccine candidate” - Deutsches Zentrum für Infektionsforschung (DZIF)

2014    “Isolation and characterization of novel azidophilic archaea (with J. Gescher)” – Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG)

 

Video

  • Kann man die nächste Grippe-Epidemie vorhersagen?

    Es antwortet Dr. Andreas Bremges, stellv. Abteilungsleiter Bioinformatik der Infektionsforschung am HZI in Braunschweig.

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