Management
Die Gesellschafterversammlung tagt als oberstes Leitungsgremium des HZI mindestens einmal jährlich, trifft die wichtigsten Richtungsentscheidungen, ernennt die beiden Geschäftsführer und befindet über deren Entlastung. Vertreter der Gesellschafter bilden – gemeinsam mit Experten aus Hochschulen, Kliniken, Wirtschaft, anderen Forschungszentren sowie dem HZI selbst – den Aufsichtsrat. Der Aufsichtsrat des HZI tagt zweimal jährlich, überwacht die Rechtmäßigkeit, Zweckmäßigkeit und Wirtschaftlichkeit der Geschäftsführung und entscheidet über die wichtigen forschungspolitischen und finanziellen Angelegenheiten der Gesellschaft. Dem Aufsichtsrat steht fachlich beratend das Wissenschaftliche Komitee zur Seite. Das mittlere Management des Zentrums setzt sich zusammen aus den Leitern der wissenschaftlichen Abteilungen, der Verwaltungseinheiten und der Stabsstellen.
Wissenschaftlicher Geschäftsführer

Dirk Heinz studierte Chemie und Biochemie in Freiburg und promovierte an der Universität Basel auf dem Gebiet der Strukturbiologie. Nach einem Forschungsaufenthalt in den USA kehrte er für seine Habilitation an die Universität Freiburg zurück. Im Jahre 1998 wechselte er als Nachwuchsgruppenleiter an die damalige Gesellschaft für Biotechnologische Forschung (GBF, seit 2006 das HZI) in Braunschweig, wo er von 2002 bis 2013 eine Forschungsabteilung leitete. Dirk Heinz ist Professor für Strukturbiologie an der Technischen Universität Braunschweig und leitet seit August 2011 das HZI als Wissenschaftlicher Geschäftsführer. Er ist darüberhinaus Vorstandsmitglied im Deutschen Zentrum für Infektionsforschung (DZIF) sowie Mitglied in wissenschaftlichen Beiräten, Kuratorien und Aufsichtsgremien verschiedener Forschungseinrichtungen, Universitäten und Kliniken. Seit 2019 vertritt er als Vizepräsident den Forschungsbereich Gesundheit der Helmholtz-Gemeinschaft.
Administrativer Geschäftsführer

Der in Hoya in Niedersachsen geborene Jurist Christian Scherf studierte Rechtswissenschaften in Freiburg /Brsg. und Völker-und Europarecht in Dijon, Frankreich. Seine beiden Staatsexamina sowie auch sein Referendariat absolvierte er in Frankfurt am Main. Sein Interesse hatte Christian Scherf schon sehr früh auf internationale Kontakte gelenkt. So war er nach dem Abitur für ein Jahr als Freiwilliger des UN-Hochkommissars für Flüchtlinge in Costa Rica in der Flüchtlingshilfe tätig.
Nach späteren Stationen als junger Jurist bei der EU-Kommission in Brüssel, als Regierungsrat der Freien und Hansestadt Hamburg sowie diversen Leitungsfunktionen in der überregionalen Bildungs-, Wissenschafts- und Forschungsförderung übernahm er im Jahr 2000 die Kaufmännische Geschäftsführung des GKSS Forschungszentrums Geesthacht GmbH (heute HEREON). Im Jahre 2002 wechselte er als Kaufmännischer Geschäftsführer an das Deutsche Elektronen-Synchrotron DESY. Von 2015-2020 wirkte Christian Scherf als Administrativer Geschäftsführer des Europäischen Laboratoriums für Molekularbiologie in Heidelberg. Im Jahre 2020 übernahm er eine neue Herausforderung als Gründungskanzler und später Kanzler der Beruflichen Hochschule Hamburg. Seit Anfang Januar 2023 leitet Christian Scherf das HZI als Administrativer Geschäftsführer.
Darüber hinaus ist er Vorsitzender des Hochschulrates der Europa-Universität in Flensburg und Mitglied des Kuratoriums des American Field Service (AFS).