Grant Morahan "Gene interactions in type 1 diabetes: a systems genetics approach"

Morahan

Aberrant regulation of immune responses can give rise to autoimmune diseases such as Type 1 Diabetes (T1D). Although many genes have been identified that affect risk of developing T1D, it is not known how they contribute to disease. We applied systems genetics analyses to explore the molecular basis for susceptibility. Over 60 loci have been reported to be associated with T1D. Many of these are defined only by anonymous SNPs: identity of the causative genes, and the molecular bases by which they mediate susceptibility, are not known. To identify these genes, we performed a systematic analysis. First, all known genes in modest linkage disequilibrium with the tag SNP for each locus were examined; we identified common non-synonymous alleles in 259 genes at 39 loci. Next, we examined the effect of SNP genotypes on regulating expression levels of nearby (<2Mb) genes (i.e. cis-regulatory effects typical of promoter/enhancer elements). To do so, we examined gene expression in a total of 442 samples of three different cell types: EBV-transformed B cell lines (resting and after PMA stimulation); and purified CD4+ and CD8+ T cells. We mapped expression quantitative trait loci (eQTL) and found 43 non-HLA loci, typically with P < 1 × 10−7. We tested for trans-regulatory effects (i.e. association with changes in expression of genes located in other chromosomal regions). We found trans-eQTL at 56 non-HLA loci that significantly (P < 1 × 10−8) affected expression of some 2,125 transcripts. Finally, we developed a new approach which allowed us to define distinct genetic subtypes of T1D, and applied this method to other diseases. In summary, our results provide novel insights into the complex genetics of T1D and identified candidate genes for further investigation. Our approach can be applied to other complex genetic diseases for which GWAS data are available.

  • Überblick

    Das "HZI-Kolloquium" ist eine wissenschaftliche Vorlesungsreihe zu dem international anerkannte Experten aus dem Bereich Infektionsforschung ans Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung, Braunschweig, eingeladen werden. In Vorträgen geben die Gastsprecher Einblicke in ihre aktuellen Arbeiten. Im Anschluss besteht die Möglichkeit zu einer offenen Diskussion.
    Wir laden alle interessierten Wissenschaftler zur Teilnahme an diesem Kolloquium herzlich ein.
    Das HZI-Kolloquium findet mittwochs von 17:15 bis 18:30 Uhr im Forum, Raum X0.13, statt.


    Datum: 05.12.2012, 17:15

    Veranstaltungsort

    Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung

    Gebäude und Raum

    Forum, X0.13

    Referent

    Grant Morahan,
    Western Australian Institute for Medical Research

    Gastgeber

    Klaus Schughart

  • Anfahrt

    So erreichen Sie uns in Braunschweig

    Lage des Helmholtz-Zentrums in der Stadt Braunschweig.

    Adresse

    Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung
    Inhoffenstraße 7
    38124 Braunschweig

    Anreise mit dem Auto

    Aus Richtung Berlin/Wolfsburg/Helmstedt:

    • A2 bis zum Kreuz Wolfsburg/Königslutter > A39 in Richtung Kreuz BS-Süd/Wolfenbüttel/Bad Harzburg
    • A39 bis zum Kreuz BS Süd > A395 Richtung Wolfenbüttel - A395 bis zur Ausfahrt BS-Stöckheim >Rechts abbiegen auf den Mascheroder Weg - Nach 500m links in die Inhoffenstraße abbiegen

     Aus Richtung Celle/Hannover:

    • A2 bis zum Kreuz BS Nord > A391 Richtung Kreuz BS Süd/Bad Harzburg/Wolfenbüttel
    • A391 bis zum Kreuz BS Süd > A395 Richtung Wolfenbüttel
    • A395 bis zur Ausfahrt BS-Stöckheim > Rechts in den Mascheroder Weg abbiegen - Nach 500m links in die Inhoffenstraße abbiegen

    Aus Richtung Kassel/Salzgitter:

    • A7 bis zum Kreuz Salzgitter > A39 Richtung Berlin/Braunschweig/Salzgitter
    • A39 bis zum Kreuz BS-Süd > A39 Richtung Wolfenbüttel
    • A395 bis zur Ausfahrt BS-Stöckheim > Rechts in den Mascheroder Weg abbiegen
    • Nach 500m links in die Inhoffenstraße abbiegen

     

    Anreise mit der Bahn

    Braunschweig ist mit jeweils zwei ICE- und Intercity-Linien an das Fernverkehrssystem der Deutschen Bahn angeschlossen. Die ICE-Linien 11 und 12 verdichten die Strecke Berlin Ostbahnhof - Mannheim Hauptbahnhof gemeinsam zu einem Stundentakt, während die Intercity-Linien 55 und 56 die Strecke Leipzig-Hannover in einem stündlichen Takt bedienen.

    Nähere Reiseinformationen und Fahrplanauskünfte erhalten Sie hier.

    Bus oder Tram

    Nehmen Sie Buslinie 431 oder  Tramlinie 1 vom Hauptbahnhof  bis zur Haltestelle "Stöckheimer Markt". Biegen Sie links in den "Mascheroder Weg" ab und nach 500m rechts in die "Inhoffenstraße". 

    Weitere Links:

    Internetseite der Braunschweiger Verkehrs-AG
    Elektronische Fahrplanauskunft (EFA)
    Stadtplan der Stadt Braunschweig

    Anreise mit dem Flugzeug

    Der Flughafen Hannover ist rund 60km entfernt und die Fahrt nach Braunschweig dauert eine Stunde. Züge fahren stündlich in Richtung Braunschweig.

    Vom Internationalen Flughafen Frankfurt aus erreichen Sie Braunschweig in drei Stunden mit dem Zug. Frankfurt ist ca. 350km von Braunschweig entfernt.

    Die Berliner Flughäfen Schönefeld und Tegel sind ca. 120 Minuten und 230km von Braunschweig entfernt. Züge fahren hier ebenfalls stündlich in Richtung Braunschweig.


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