Am Hauptstandort Braunschweig sind die Labore und technischen Einrichtungen für vier der fünf Forschungsfelder des HZI angesiedelt – das fünfte, die Pharmazeutische Forschung, wird überwiegend in der Saarbrücker Außenstelle HIPS bearbeitet. 

In Braunschweig befinden sich darüber hinaus die Büros des Zentrums-Managements, der Stabsstellen und der Verwaltungseinheiten. 

Auf dem Forschungsgelände, dem HZI-Campus, liegen außer dem HZI auch die Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ) sowie die pharmazeutischen Biotechnologie-Labore des Fraunhofer-Instituts für Toxikologie und Experimentelle Medizin (ITEM).

Zu den Forschergruppen am Standort Braunschweig