Das Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung (HZI) ist in der Rechtsform einer GmbH organisiert. Gesellschafter sind die Bundesrepublik Deutschland (90 %) sowie die Bundesländer Niedersachsen (9 %) und Saarland (1 %).

Vertreter dieser Gesellschafter bilden – gemeinsam mit Experten aus Hochschulen, Kliniken, Wirtschaft, anderen Forschungszentren sowie dem HZI selbst – den Aufsichtsrat. Dieses oberste Leitungsgremium des HZI tagt zweimal jährlich, trifft die wichtigsten Richtungsentscheidungen und ernennt die beiden Geschäftsführer.

Dem Aufsichtsrat steht fachlich beratend das Wissenschaftliche Komitee zur Seite.

Das mittlere Management des Zentrums setzt sich zusammen aus den Leitern der wissenschaftlichen Abteilungen, der Verwaltungseinheiten und der Stabsstellen.