Seit 1978 fördert die Bundesregierung die Gesundheitsforschung durch die Fortschreibung des Gesundheitsforschungsprogrammes. Das Programm wird gemeinsam vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) und vom Bundesministerium für Gesundheit (BMG) getragen und aus Mitteln des BMBF finanziert. Ziel der Gesundheitsforschung ist eine bessere medizinische Behandlung, um die Lebensqualität der Menschen zu verbessern. Die vom BMBF geförderte Forschung hat in den vergangenen Jahren zu zahlreichen medizinischen Durchbrüchen beigetragen.

In den Lebenswissenschaften erfolgt die Forschungsförderung durch das Rahmenprogramm „Biotechnologie – Chancen nutzen und gestalten“, das 2010 endete und 2011 durch Start des Programmes “Gesundheitsforschung - Forschung für den Menschen“ neu ausgelegt wurde mit Schwerpunkt auf der Erforschung der sogenannten Volkskrankheiten.

Gekennzeichnet ist es durch einen umfassenden Ansatz, der von der Erforschung von Krankheitsursachen und der Gesundheitsvorsorge über strukturelle Änderungen in der Forschungslandschaft bis hin zur besseren Zusammenarbeit von Wirtschaft und Wissenschaft reicht.
Das Rahmenprogramm Gesundheitsforschung wird durch definierte Fördermaßnahmen im Rahmen der Projektförderung sowie durch institutionelle Förderung außeruniversitärer Einrichtungen konkretisiert.

Die Projektförderung dient der Bundesregierung als ein flexibles strategisches Steuerungsinstrument, insbesondere für kurz- bis mittelfristige Forschungsziele im Rahmen klar definierter Förderschwerpunkte. Ein Anliegen dabei ist es, den Transfer von Forschungsergebnissen in die Anwendung zu beschleunigen und hierzu die Vernetzung zwischen universitärer und außeruniversitärer Forschung sowie der Wirtschaft zu verbessern. Die förderpolitischen Zielsetzungen und die darauf abgestimmten Instrumente eines Förderschwerpunktes werden durch Bekanntmachungen von Förderrichtlinien festgelegt und veröffentlicht. In den Richtlinien werden Gegenstand der Förderung, potenzielle Zuwendungsempfänger und Förderkriterien festgelegt.

Wissenschaftler des HZI sind an folgenden Förderinitiativen beteiligt: