Das Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung gehört der Helmholtz-Gemeinschaft an, der größten Wissenschaftsorganisation Deutschlands. Die herausragenden HZI-Wissenschaftler und die Kooperationen mit externen Partnern sind Dreh- und Angelpunkt des Forschungsalltags am HZI.

Das Zentrum verfügt über ein Jahresetat von rund 47 Millionen Euro, die von der Bundesrepublik Deutschland und dem Land Niedersachsen (90:10) finanziert werden.