Epidemiologen erforschen die Ausbreitungsmuster einer Epidemie. Ihre Werkzeuge sind systematische Befragungen, klinische Untersuchungen und labordiagnostische Nachweise in der Bevölkerung. Außerdem identifizieren sie die Risikofaktoren, die zu einer Infektion führen. Anhand der gewonnen Daten entwickeln sie dann Maßnahmen, um diese Infektionen zu vermeiden, und überprüfen die Wirksamkeit ihrer Maßnahmen. So knüpft die Infektionsepidemiologie an die wissenschaftlichen Erkenntnisse der Grundlagenforschung sowie der Medizin an und untersucht die Prozesse auf der Bevölkerungsebene.

Die Abteilung „Epidemiologie“ arbeitet an verschiedenen Erregern, die sich auf unterschiedliche Weisen ausbreiten: Dazu gehören Zoonosen, also vom Tier auf den Menschen übertragene Infektionen wie die Borreliose. Ein weiteres Forschungsobjekt bilden Erreger, die sich durch direkten Kontakt oder über die Atemwege von Mensch zu Mensch verbreiten. Influenza, die Grippe, ist ein prominentes Beispiel hierfür.

Ein wesentlicher Schwerpunkt der Abteilung ist eine große Kohortenstudie, die die Helmholtz-Gemeinschaft zusammen mit anderen Forschungseinrichtungen durchführt. In ganz Deutschland werden 200.000 Menschen über mehrere Jahrzehnte regelmäßig untersucht. Mit Hilfe statistischer Analysen der gewonnenen Befunde möchten die Forscher herausfinden, welche Faktoren das Infektionsrisiko erhöhen und welche Spätfolgen bestimmte Infektionen haben. Auch die langfristige Wirksamkeit von Impfungen kann durch solche prospektiven Kohortenstudien untersucht werden. In enger Kooperation mit der MHH werden darüber hinaus auch epidemiologische Studien bei Patienten durchgeführt.
Diese epidemiologischen Forschungsergebnisse bilden dann die Grundlage für konkrete Impfempfehlungen, Hygienekonzepte in Krankenhäusern, Maßnahmen der Lebensmittelsicherheit sowie für den Infektionsschutz im öffentlichen Gesundheitsdienst.